第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
*Molecular dynamics [#c3820ec9]
分子動力学シミュレーションの実行方法
**HOWTO [#refd1c79]
*** 分子動力学計算 [#f5253999]
- 分子動力学シミュレーションの実行を指定
--IMDALG=-1あるいはIMDALG=-2を選択
~通常はIMDALG=-1を指定する。TRAJECTORY、ENERGIES等が生成...
-IMDALG=-1(有限温度分子動力学)の場合、固定フォーマット形...
2 : mvelsc
300.0D0 30.0D0 10 1.0D0 : tempw,tolp,nroll,an...
300.0D0 8 15 1 : wnosep,nhc,nosy,ndrt
5.0D-8 : frict
0 : mcnstr
- MVELSC: 温度(速度)の制御法を指定
| mvelsc | velocity scaling |
| 0 | micro cano |
| 1 | Simulated annealing |
| 2 | simple velocity rescaling |
| 10 | Nose-Hoover |
- TEMPW: 温度 (K)
- TOLP: 温度の閾値 (K) Velocity rescalingの場合に目的の温...
- NROLL: Rolling averageのインターバル 通常10が推奨される
- ANNEAL: アニーリングの因子 Simulated annealingの際に用...
- WNOSEP: 特徴的な系の振動数 (cm^-1)
- NHC: Nose-Hoover chainの長さ (NHCの場合4, GGMTの場合2が...
- NOSY: Suzuki-Yoshida積分の次数
- NDRT: 熱浴変数についての積分の数 通常NDRT=1で十分である
- FRICT: Langevin分子動力学シミュレーションの際の摩擦係数
- MCNSTR: 拘束条件の数
MCNSTRが0よりも大きい場合、拘束条件の数だけ行を追加する
DIST 1 2 1.83401~
BEND 1 2 3 104.23195~
DIHED 1 2 3 4 60.0~
ここで拘束条件は
-- DIST: 距離
-- BEND: 角度
-- DIHED: 二面角
が実装されており、2-5 columnの数字(column数は拘束条件に...
*** 拘束条件付き分子動力学シミュレーション [#vdad45f2]
以下のオプションを追加することによっても拘束条件付き分子...
&COSTRAINT
NMCNSTR 3
DIST 6 7 4.102
BEND 1 2 3 104.23195
DIHED 1 2 3 4 60.0
&END
NMCNSTR: 拘束条件の数
DIST: 原子間距離~
BEND: 結合間の角度~
DIHED: 2面角~
このオプションは拘束条件付き構造最適化を念頭に置いており...
**分子動力学シミュレーション結果の可視化 [#ye0162b9]
- [[計算結果のアニメーション化>計算コードの使い方/STATE/...
終了行:
*Molecular dynamics [#c3820ec9]
分子動力学シミュレーションの実行方法
**HOWTO [#refd1c79]
*** 分子動力学計算 [#f5253999]
- 分子動力学シミュレーションの実行を指定
--IMDALG=-1あるいはIMDALG=-2を選択
~通常はIMDALG=-1を指定する。TRAJECTORY、ENERGIES等が生成...
-IMDALG=-1(有限温度分子動力学)の場合、固定フォーマット形...
2 : mvelsc
300.0D0 30.0D0 10 1.0D0 : tempw,tolp,nroll,an...
300.0D0 8 15 1 : wnosep,nhc,nosy,ndrt
5.0D-8 : frict
0 : mcnstr
- MVELSC: 温度(速度)の制御法を指定
| mvelsc | velocity scaling |
| 0 | micro cano |
| 1 | Simulated annealing |
| 2 | simple velocity rescaling |
| 10 | Nose-Hoover |
- TEMPW: 温度 (K)
- TOLP: 温度の閾値 (K) Velocity rescalingの場合に目的の温...
- NROLL: Rolling averageのインターバル 通常10が推奨される
- ANNEAL: アニーリングの因子 Simulated annealingの際に用...
- WNOSEP: 特徴的な系の振動数 (cm^-1)
- NHC: Nose-Hoover chainの長さ (NHCの場合4, GGMTの場合2が...
- NOSY: Suzuki-Yoshida積分の次数
- NDRT: 熱浴変数についての積分の数 通常NDRT=1で十分である
- FRICT: Langevin分子動力学シミュレーションの際の摩擦係数
- MCNSTR: 拘束条件の数
MCNSTRが0よりも大きい場合、拘束条件の数だけ行を追加する
DIST 1 2 1.83401~
BEND 1 2 3 104.23195~
DIHED 1 2 3 4 60.0~
ここで拘束条件は
-- DIST: 距離
-- BEND: 角度
-- DIHED: 二面角
が実装されており、2-5 columnの数字(column数は拘束条件に...
*** 拘束条件付き分子動力学シミュレーション [#vdad45f2]
以下のオプションを追加することによっても拘束条件付き分子...
&COSTRAINT
NMCNSTR 3
DIST 6 7 4.102
BEND 1 2 3 104.23195
DIHED 1 2 3 4 60.0
&END
NMCNSTR: 拘束条件の数
DIST: 原子間距離~
BEND: 結合間の角度~
DIHED: 2面角~
このオプションは拘束条件付き構造最適化を念頭に置いており...
**分子動力学シミュレーション結果の可視化 [#ye0162b9]
- [[計算結果のアニメーション化>計算コードの使い方/STATE/...
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