第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
*水分子 [#y8ef8203]
この例では水分子を構造最適化した後、分子軌道をプロットす...
**構造最適化 [#l6cbd96c]
- 入力ファイル: nfinp_1
0 0 0 0 0 0 : Water molecule lay...
5.00 15.00 2 3 3 : GMAX GMAXP NTYP NA...
1 0 : num_space_group ty...
11.33836127 11.33836127 11.33836127 90.0 90.0 90.0 ...
1 1 1 1 1 1 : knx kny knz k-poin...
1 0 : NCORD, NINV
1.4573900861 0.0000000000 1.1182947451 1 1 1
-1.4573900861 0.0000000000 1.1182947451 1 1 1
0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1 1 2
1 0.1500 1.00794 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ...
8 0.1500 15.9994 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ...
0 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVE...
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 iter_las...
3 1 : WAYMIX MIX_WHAT
0 8 0.6 : starting_mixing kb...
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 ...
30.00 4 1 0.10D-08 1.d-10 : DTIO IMDALG IEXPL ...
0.001 1.0D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ggapbe 1 : XCTYPE nspin
1.00 : destm n_stm
101 : NBZTYP
0 0 0 : NKX NKY NKZ (du...
0 0 0 : NKX2 NKY2 NKZ2 (du...
8 : NEG
1 : NEXTST
0 : (dummy)
2 : imsd
0 : evaluate_eko_diff
0 : npdosao
0 0.0 : SM_N dopping
STATEを実行する。
mpirun -np 4 ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
構造最適化が終わるとGEOMETRYファイルが生成され、それを用...
**実空間での分子軌道(波動関数) [#efc75e03]
入力ファイル: nfinp_2
0 0 0 0 0 0 : Water molecule lay...
5.00 15.00 2 3 3 : GMAX GMAXP NTYP NA...
1 0 : num_space_group ty...
11.33836127 11.33836127 11.33836127 90.0 90.0 90.0 ...
1 1 1 1 1 1 : knx kny knz k-poin...
1 0 : NCORD, NINV
1.454631696076 -0.000000004236 1.11868637...
-1.454631551429 -0.000000032487 1.11868630...
0.000000020327 -0.000000364004 -0.00077395...
1 0.1500 1.00794 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ...
8 0.1500 15.9994 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ...
15 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVE...
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 iter_las...
3 1 : WAYMIX MIX_WHAT
0 8 0.6 : starting_mixing kb...
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 ...
30.00 4 1 0.10D-08 1.d-10 : DTIO IMDALG IEXPL ...
0.001 1.0D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ggapbe 1 : XCTYPE nspin
1.00 : destm n_stm
101 : NBZTYP
0 0 0 : NKX NKY NKZ (du...
0 0 0 : NKX2 NKY2 NKZ2 (du...
8 : NEG
1 : NEXTST
0 : (dummy)
2 : imsd
0 : evaluate_eko_diff
0 : npdosao
0 0.0 : SM_N dopping
&PLOT
IK 1
IBAND_S 4
IBAND_E 5
&END
分子軌道(波動関数)を実空間でプロットするためには
- ICOND=15~
を指定し、&PLOT...&END内に以下でパラメータを指定する。
- IK: IK番目のk点における波動関数を実空間で計算
- IBAND_S, IBAND_E: 計算するバンドの指標。IBAND_S番目から...
波動関数はnfwfn_kptXXXX_bandYYYY.cubeという名前のファイル...
今の例では波動関数がnfwfn_kpt0001_band0004.cube, nfwfn_kp...
終了行:
*水分子 [#y8ef8203]
この例では水分子を構造最適化した後、分子軌道をプロットす...
**構造最適化 [#l6cbd96c]
- 入力ファイル: nfinp_1
0 0 0 0 0 0 : Water molecule lay...
5.00 15.00 2 3 3 : GMAX GMAXP NTYP NA...
1 0 : num_space_group ty...
11.33836127 11.33836127 11.33836127 90.0 90.0 90.0 ...
1 1 1 1 1 1 : knx kny knz k-poin...
1 0 : NCORD, NINV
1.4573900861 0.0000000000 1.1182947451 1 1 1
-1.4573900861 0.0000000000 1.1182947451 1 1 1
0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1 1 2
1 0.1500 1.00794 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ...
8 0.1500 15.9994 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ...
0 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVE...
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 iter_las...
3 1 : WAYMIX MIX_WHAT
0 8 0.6 : starting_mixing kb...
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 ...
30.00 4 1 0.10D-08 1.d-10 : DTIO IMDALG IEXPL ...
0.001 1.0D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ggapbe 1 : XCTYPE nspin
1.00 : destm n_stm
101 : NBZTYP
0 0 0 : NKX NKY NKZ (du...
0 0 0 : NKX2 NKY2 NKZ2 (du...
8 : NEG
1 : NEXTST
0 : (dummy)
2 : imsd
0 : evaluate_eko_diff
0 : npdosao
0 0.0 : SM_N dopping
STATEを実行する。
mpirun -np 4 ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
構造最適化が終わるとGEOMETRYファイルが生成され、それを用...
**実空間での分子軌道(波動関数) [#efc75e03]
入力ファイル: nfinp_2
0 0 0 0 0 0 : Water molecule lay...
5.00 15.00 2 3 3 : GMAX GMAXP NTYP NA...
1 0 : num_space_group ty...
11.33836127 11.33836127 11.33836127 90.0 90.0 90.0 ...
1 1 1 1 1 1 : knx kny knz k-poin...
1 0 : NCORD, NINV
1.454631696076 -0.000000004236 1.11868637...
-1.454631551429 -0.000000032487 1.11868630...
0.000000020327 -0.000000364004 -0.00077395...
1 0.1500 1.00794 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ...
8 0.1500 15.9994 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ...
15 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVE...
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 iter_las...
3 1 : WAYMIX MIX_WHAT
0 8 0.6 : starting_mixing kb...
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 ...
30.00 4 1 0.10D-08 1.d-10 : DTIO IMDALG IEXPL ...
0.001 1.0D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ggapbe 1 : XCTYPE nspin
1.00 : destm n_stm
101 : NBZTYP
0 0 0 : NKX NKY NKZ (du...
0 0 0 : NKX2 NKY2 NKZ2 (du...
8 : NEG
1 : NEXTST
0 : (dummy)
2 : imsd
0 : evaluate_eko_diff
0 : npdosao
0 0.0 : SM_N dopping
&PLOT
IK 1
IBAND_S 4
IBAND_E 5
&END
分子軌道(波動関数)を実空間でプロットするためには
- ICOND=15~
を指定し、&PLOT...&END内に以下でパラメータを指定する。
- IK: IK番目のk点における波動関数を実空間で計算
- IBAND_S, IBAND_E: 計算するバンドの指標。IBAND_S番目から...
波動関数はnfwfn_kptXXXX_bandYYYY.cubeという名前のファイル...
今の例では波動関数がnfwfn_kpt0001_band0004.cube, nfwfn_kp...
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