第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
*Crystal Orbital Overlap Population (COOP) [#m656b473]
-吸着系における電荷の解析(Mulliken電荷解析の結晶(吸着)...
**HOWTO [#nac8d788]
-計算に必要なファイルの準備(STATEの実行)
--zaj.data:吸着系の波動関数(例 : CO/Pt(111))
--zak1.data:吸着子の波動関数(例 : CO )
--zak2.data :今のバージョンでは二種類の吸着子(共吸着系...
二種類目の吸着子があれば計算し、波動関数をzak2.dataとリネ...
--zak3.data:基板金属の波動関数(例 : Pt(111) )~
上記の波動関数のデータを吸着系と孤立系について個別にSTATE...
このとき、孤立系(吸着子、基板金属)のユニットセル、k点、...
吸着系と同じになるように注意する。~
さらにバンド数NEGについて、~
NEG(zaj.data) = NEG(zak1.data) + NEG(zak2.data)+NEG(zak3....
となる必要がある。すなわち、孤立系のバンドの和が吸着系の...
~
--eko.data:吸着系の固有値やFermiエネルギーを記述したデー...
フォーマットは以下の通り~
1行目:Fermi energy~
(以下、k点の数だけ繰り返し)~
2行目:k点のインデックス、Gベクトルの数、k点、k点の重み~
3行目:固有値~
...~
~
(以下、eko.dataに関するコメント)
zaj.dataを出力した同計算のnfoutより FERMI LEVEL以下からOC...
例:
NKP= 3 NGP= 22102 K=( 0.19421 0.00000 0.0000...
→
3 22102 0.19421 0.00000 0.00000 0.0625
~
~
rafiki:/home/hamada/STATE/tools/state2eg.pl
というスクリプトを作りました。STATEの出力ファイルからeko....
使用例:~
state2eg.pl nfout_1 > eko.data~
--nfcoop.data : 参照 subroutine pdos_coop3 @ pdos_coop.f90
kspin ! DUMMY
knv3 ! DUMMY
npdosmo1, kpdosmo1, katm_1, klmta_1 ! 1番目の吸着子
npdosmo2, kpdosmo2, katm_2, klmta_2 ! 2番目の吸着子が...
npdosmo3, kpdosmo3, katm_3, klmta_3 ! 基板
epdos(1), epdos(2), epdos(3), npdose ! DOSのEnergyの下...
1行目:~
kspin:スピンの種類:1:非磁性、2:磁性~
2行目:~
knv3:k点の数~
3-5行目:~
npdosmoX(X=1,2,3):coop_analysisで使用する波動関数のバン...
kpdosmoX(X=1,2,3): 波動関数のバンドの次元(最大次元)~
katm_X(X=1,2,3):各系(吸着系、孤立系)における原子数~
klmta_X(X=1,2,3):ノンローカルポテンシャルの角運動量成分...
各系における計算での出力ファイルからklmtaを探し記入するこ...
~
epdos(1:3):計算する状態密度のエネルギーの下限と上限、Gau...
(comment)~
nfcoop.dataはSTATEの計算とCOOP analysisの計算の両方で使用...
npdosmo*はCOOP解析で用いる分子軌道の数、kpdosmo*は分子軌...
npdosmo* < kpdosmo*~
となります。~
COOPの解析は吸着系の波動関数を吸着子と基板の分子軌道の線...
~
-Overlapの計算
--ICOND=17, NEXTST=1にして再度STATEを実行~
//この際CPU数は必ず1にすること!!!!!!!!!!
//(新しいプログラムでは並列OKらしいが詳細不明。)
//(新しいプログラムは並列でも動作するが、k点が多いとsij,...
//---この際SCFはnextst=1で収束させる。nextst=0とすると大...
--並列計算を行うと
*** CHECKING THE ORTHONORMALITY ***
attn! imo,imo2,b3ij= 132 172 0.0171
attn! imo,imo2,b3ij= 132 185 -0.0132
attn! imo,imo2,b3ij= 132 191 0.0154
...
のように規格直交性がmype=0の担当分しか出力されないが、COO...
-出力ファイル:coop_sij.data, coop_bij.data
-coop analysisの実行
--coop_analysisはfortranのプログラムです。smithの~morikaw...
--コンパイル方法 gfortran coop_analysis.f -llapack -lbla...
--Input files : nfcoop.data, coop_sij.data, coop_bij.data~
--実行~
%> coop_analysis > coop.out
---後処理
---解析
PDOSは吸着系を吸着子にProjectしたDOS
COOPは結合か反結合かをしめすDOS
-古いバージョンでは無理でしたが、最新版のSTATEではCOOPは...
**WARNING [#ed9c0a57]
//-COOP解析の前のSCF計算には必ずDavidson法を使って下さい...
//(pdos_coop*は実空間の射影に対応していません)
-COOP解析を行う際には必ず擬ポテンシャルの非局所部分を逆格...
pdos_coop*は逆格子空間での射影にしか対応していません。
**Reference [#y8fa79f7]
-R. Hoffmann, Rev. Mod. Phys. 60, 601 (1988).
-H. Aizawa and S. Tsuneyuki, Surf. Sci. 399, L364 (1998).
----
更新履歴
-2007-10-11 (木) 17:57:02 I. Hamada (comment)
-2007-10-07 (金) 18:35:00 N.Mitsuda (nfcoop.dataについて...
-2007-09-11 (火) 17:10:21 S. Yanagisawa (若干、加筆訂正)
-2007-09-05 (水) 17:06:49 I. Hamada (misc. modif.)
-2007-08-31 (金) 18:12:00 N.Mitsuda (柳澤さんから教えてい...
-2006-11-29 (水) 12:22:11 I. Hamada (created)
終了行:
*Crystal Orbital Overlap Population (COOP) [#m656b473]
-吸着系における電荷の解析(Mulliken電荷解析の結晶(吸着)...
**HOWTO [#nac8d788]
-計算に必要なファイルの準備(STATEの実行)
--zaj.data:吸着系の波動関数(例 : CO/Pt(111))
--zak1.data:吸着子の波動関数(例 : CO )
--zak2.data :今のバージョンでは二種類の吸着子(共吸着系...
二種類目の吸着子があれば計算し、波動関数をzak2.dataとリネ...
--zak3.data:基板金属の波動関数(例 : Pt(111) )~
上記の波動関数のデータを吸着系と孤立系について個別にSTATE...
このとき、孤立系(吸着子、基板金属)のユニットセル、k点、...
吸着系と同じになるように注意する。~
さらにバンド数NEGについて、~
NEG(zaj.data) = NEG(zak1.data) + NEG(zak2.data)+NEG(zak3....
となる必要がある。すなわち、孤立系のバンドの和が吸着系の...
~
--eko.data:吸着系の固有値やFermiエネルギーを記述したデー...
フォーマットは以下の通り~
1行目:Fermi energy~
(以下、k点の数だけ繰り返し)~
2行目:k点のインデックス、Gベクトルの数、k点、k点の重み~
3行目:固有値~
...~
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(以下、eko.dataに関するコメント)
zaj.dataを出力した同計算のnfoutより FERMI LEVEL以下からOC...
例:
NKP= 3 NGP= 22102 K=( 0.19421 0.00000 0.0000...
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3 22102 0.19421 0.00000 0.00000 0.0625
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rafiki:/home/hamada/STATE/tools/state2eg.pl
というスクリプトを作りました。STATEの出力ファイルからeko....
使用例:~
state2eg.pl nfout_1 > eko.data~
--nfcoop.data : 参照 subroutine pdos_coop3 @ pdos_coop.f90
kspin ! DUMMY
knv3 ! DUMMY
npdosmo1, kpdosmo1, katm_1, klmta_1 ! 1番目の吸着子
npdosmo2, kpdosmo2, katm_2, klmta_2 ! 2番目の吸着子が...
npdosmo3, kpdosmo3, katm_3, klmta_3 ! 基板
epdos(1), epdos(2), epdos(3), npdose ! DOSのEnergyの下...
1行目:~
kspin:スピンの種類:1:非磁性、2:磁性~
2行目:~
knv3:k点の数~
3-5行目:~
npdosmoX(X=1,2,3):coop_analysisで使用する波動関数のバン...
kpdosmoX(X=1,2,3): 波動関数のバンドの次元(最大次元)~
katm_X(X=1,2,3):各系(吸着系、孤立系)における原子数~
klmta_X(X=1,2,3):ノンローカルポテンシャルの角運動量成分...
各系における計算での出力ファイルからklmtaを探し記入するこ...
~
epdos(1:3):計算する状態密度のエネルギーの下限と上限、Gau...
(comment)~
nfcoop.dataはSTATEの計算とCOOP analysisの計算の両方で使用...
npdosmo*はCOOP解析で用いる分子軌道の数、kpdosmo*は分子軌...
npdosmo* < kpdosmo*~
となります。~
COOPの解析は吸着系の波動関数を吸着子と基板の分子軌道の線...
~
-Overlapの計算
--ICOND=17, NEXTST=1にして再度STATEを実行~
//この際CPU数は必ず1にすること!!!!!!!!!!
//(新しいプログラムでは並列OKらしいが詳細不明。)
//(新しいプログラムは並列でも動作するが、k点が多いとsij,...
//---この際SCFはnextst=1で収束させる。nextst=0とすると大...
--並列計算を行うと
*** CHECKING THE ORTHONORMALITY ***
attn! imo,imo2,b3ij= 132 172 0.0171
attn! imo,imo2,b3ij= 132 185 -0.0132
attn! imo,imo2,b3ij= 132 191 0.0154
...
のように規格直交性がmype=0の担当分しか出力されないが、COO...
-出力ファイル:coop_sij.data, coop_bij.data
-coop analysisの実行
--coop_analysisはfortranのプログラムです。smithの~morikaw...
--コンパイル方法 gfortran coop_analysis.f -llapack -lbla...
--Input files : nfcoop.data, coop_sij.data, coop_bij.data~
--実行~
%> coop_analysis > coop.out
---後処理
---解析
PDOSは吸着系を吸着子にProjectしたDOS
COOPは結合か反結合かをしめすDOS
-古いバージョンでは無理でしたが、最新版のSTATEではCOOPは...
**WARNING [#ed9c0a57]
//-COOP解析の前のSCF計算には必ずDavidson法を使って下さい...
//(pdos_coop*は実空間の射影に対応していません)
-COOP解析を行う際には必ず擬ポテンシャルの非局所部分を逆格...
pdos_coop*は逆格子空間での射影にしか対応していません。
**Reference [#y8fa79f7]
-R. Hoffmann, Rev. Mod. Phys. 60, 601 (1988).
-H. Aizawa and S. Tsuneyuki, Surf. Sci. 399, L364 (1998).
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更新履歴
-2007-10-11 (木) 17:57:02 I. Hamada (comment)
-2007-10-07 (金) 18:35:00 N.Mitsuda (nfcoop.dataについて...
-2007-09-11 (火) 17:10:21 S. Yanagisawa (若干、加筆訂正)
-2007-09-05 (水) 17:06:49 I. Hamada (misc. modif.)
-2007-08-31 (金) 18:12:00 N.Mitsuda (柳澤さんから教えてい...
-2006-11-29 (水) 12:22:11 I. Hamada (created)
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