第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
開始行:
*STATE-Senri [#o8d6bfa0]
Simulation Tool for Atom TEchnology
// Thank you for visiting us. Access Number (today/total)...
#contents
**[[コンパイル方法>計算コードの使い方/STATE/コンパイル]] ...
コンパイルにはfortran90コンパイラとMPI,lapack,FFTW3(ある...
-[[5.6.1>計算コードの使い方/STATE/コンパイル/5.6.1]]
-[[5.6.3>計算コードの使い方/STATE/コンパイル/5.6.3]]
-[[5.6.5>計算コードの使い方/STATE/コンパイル/5.6.5]]
-[[5.6.6>計算コードの使い方/STATE/コンパイル/5.6.6]] (最...
**実行方法[#ra14171b]
- 先ず擬ポテンシャルを所定の場所よりコピーあるいはダウン...
/home/hamada/STATE/src/STATE_5.6.1
擬ポテンシャルのディレクトリを以下
/home/hamada/STATE/gncpp
CとOの擬ポテンシャルをそれぞれpot_C_pbe1、pot_O_pbe1とし...
ln -s /home/hamada/STATE/src/STATE_5.6.1/STATE
および
ln -s /home/hamada/STATE/gncpp/pot_C_pbe1 fort.37
ln -s /home/hamada/STATE/gncpp/pot_O_pbe1 fort.38
を実行します。STATEおよび擬ポテンシャルの場所は自分の環境...
次にCO分子の計算のための入力ファイルをnfinp_1(以下の計算...
mpirun -np 2 STATE < nfinp_1 > nfout_1
を実行します。ここで"-np 2"の2は使用するプロセッサーの数...
**擬ポテンシャル [#j582d5e3]
擬ポテンシャルファイルはgncppディレクトリに含まれます。
擬ポテンシャルの情報はファイルのヘッダーで確認することが...
- ポテンシャル名の例: pot_Pt_pbe1あるいはPt_pbe1/#vnew.data
- 例: pot_Pt_pbe1
78 10 1 1 : natomn, ival, iloc, itpcc
ggapbe : name
-- natomn: 原子番号
-- ival: 価電子の数
-- iloc: 局所ポテンシャルの軌道角運動量 l+1
-- itpcc: partial core correctionの有無 (itpcc=1: 有、itp...
**計算例 [#k753e388]
- クイックスタート:[[CO>計算コードの使い方/STATE/CO mole...
- 構造最適化:[[一酸化炭素>計算コードの使い方/STATE/CO]]
- セルの最適化:[[シリコン>計算コードの使い方/STATE/Si_op...
- バンド計算:[[アルミニウム>計算コードの使い方/STATE/Al]...
- 実空間における分子軌道:[[水分子>計算コードの使い方/STA...
- バンド計算:[[銅(111)表面>計算コードの使い方/STATE/Cu11...
- [[酸素吸着表面>計算コードの使い方/STATE/Al111-O]]
- [[分子動力学シミュレーション>計算コードの使い方/STATE/M...
- [[双極子補正>計算コードの使い方/STATE/Dipole correction]]
- [[LDA+U>計算コードの使い方/STATE/TiO2 with LDA+U]]
- [[Nudged Elastic Band法による反応経路探索>計算コードの...
- [[拘束条件下での構造最適化とポテンシャルエネルギー表面>...
- [[有効遮蔽媒質 (ESM)法によるスラブ計算>ESM]]
- [[帯電した系の計算>計算コードの使い方/STATE/ChargedSyst...
- [[半経験的van der Waals補正法>計算コードの使い方/STATE/...
- [[SCF van der Waals密度汎関数>Self-consistent vdW-DFの...
** 解析例 [#tee7f8dc]
-[[分子動力学計算結果等のアニメーション化>計算コードの使...
-[[実空間での電荷密度/波動関数の表示>計算コードの使い方/...
-Atomic Orbital (AO) projected Density Of States (PDOS) (...
-[[Bader解析>計算コードの使い方/STATE/AIM]]
-[[振動解析>計算コードの使い方/STATE/Vibration]]
-[[Crystal Orbital Overlap Population (COOP)>計算コードの...
-[[バンド計算>計算コードの使い方/STATE/BandStructure]]
-[[K-integrated AOLDOS >計算コードの使い方/STATE/AOLDOS]]
-[[K-integrated layer DOS (ALDOS_K) >計算コードの使い方/S...
-[[k-resolved PDOS on to AO (COOP_K) >計算コードの使い方/...
-[[k-resolved AOLDOS on to AO (AOLDOS_K) >計算コードの使...
-[[動径分布関数の集計 >動径分布関数の統計的集計]]
-[[STMの計算方法 >STM]]
**ユーティリティ [#oad6bc99]
- [[chkinpf>計算コードの使い方/STATE/chkinpf]]
- [[state2X>計算コードの使い方/STATE/state2x]]
- [[ChargeUtil>計算コードの使い方/STATE/ChargeUtil]]
- [[CubeUtil>計算コードの使い方/STATE/CubeUtil]]
- [[chg2xsf_2d_3d>計算コードの使い方/STATE/chg2xsf_2d_3d]]
- [[slabgen>計算コードの使い方/STATE/slabgen]]
** ファイルフォーマット [#rd4608ac]
--[[ファイルフォーマット>計算コードの使い方/STATE/format]]
--[[フォートラン I/O>計算コードの使い方/STATE/io]]
// **Downloads [#c36aaaaa]
// --[[資料のダウンロード>計算コードの使い方/STATE/資料の...
**TODO [#n0da7ef6]
-Manual
--印刷可能版の作成
--英語版の作成
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**実行方法[#ra14171b]
- 先ず擬ポテンシャルを所定の場所よりコピーあるいはダウン...
/home/hamada/STATE/src/STATE_5.6.1
擬ポテンシャルのディレクトリを以下
/home/hamada/STATE/gncpp
CとOの擬ポテンシャルをそれぞれpot_C_pbe1、pot_O_pbe1とし...
ln -s /home/hamada/STATE/src/STATE_5.6.1/STATE
および
ln -s /home/hamada/STATE/gncpp/pot_C_pbe1 fort.37
ln -s /home/hamada/STATE/gncpp/pot_O_pbe1 fort.38
を実行します。STATEおよび擬ポテンシャルの場所は自分の環境...
次にCO分子の計算のための入力ファイルをnfinp_1(以下の計算...
mpirun -np 2 STATE < nfinp_1 > nfout_1
を実行します。ここで"-np 2"の2は使用するプロセッサーの数...
**擬ポテンシャル [#j582d5e3]
擬ポテンシャルファイルはgncppディレクトリに含まれます。
擬ポテンシャルの情報はファイルのヘッダーで確認することが...
- ポテンシャル名の例: pot_Pt_pbe1あるいはPt_pbe1/#vnew.data
- 例: pot_Pt_pbe1
78 10 1 1 : natomn, ival, iloc, itpcc
ggapbe : name
-- natomn: 原子番号
-- ival: 価電子の数
-- iloc: 局所ポテンシャルの軌道角運動量 l+1
-- itpcc: partial core correctionの有無 (itpcc=1: 有、itp...
**計算例 [#k753e388]
- クイックスタート:[[CO>計算コードの使い方/STATE/CO mole...
- 構造最適化:[[一酸化炭素>計算コードの使い方/STATE/CO]]
- セルの最適化:[[シリコン>計算コードの使い方/STATE/Si_op...
- バンド計算:[[アルミニウム>計算コードの使い方/STATE/Al]...
- 実空間における分子軌道:[[水分子>計算コードの使い方/STA...
- バンド計算:[[銅(111)表面>計算コードの使い方/STATE/Cu11...
- [[酸素吸着表面>計算コードの使い方/STATE/Al111-O]]
- [[分子動力学シミュレーション>計算コードの使い方/STATE/M...
- [[双極子補正>計算コードの使い方/STATE/Dipole correction]]
- [[LDA+U>計算コードの使い方/STATE/TiO2 with LDA+U]]
- [[Nudged Elastic Band法による反応経路探索>計算コードの...
- [[拘束条件下での構造最適化とポテンシャルエネルギー表面>...
- [[有効遮蔽媒質 (ESM)法によるスラブ計算>ESM]]
- [[帯電した系の計算>計算コードの使い方/STATE/ChargedSyst...
- [[半経験的van der Waals補正法>計算コードの使い方/STATE/...
- [[SCF van der Waals密度汎関数>Self-consistent vdW-DFの...
** 解析例 [#tee7f8dc]
-[[分子動力学計算結果等のアニメーション化>計算コードの使...
-[[実空間での電荷密度/波動関数の表示>計算コードの使い方/...
-Atomic Orbital (AO) projected Density Of States (PDOS) (...
-[[Bader解析>計算コードの使い方/STATE/AIM]]
-[[振動解析>計算コードの使い方/STATE/Vibration]]
-[[Crystal Orbital Overlap Population (COOP)>計算コードの...
-[[バンド計算>計算コードの使い方/STATE/BandStructure]]
-[[K-integrated AOLDOS >計算コードの使い方/STATE/AOLDOS]]
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-[[動径分布関数の集計 >動径分布関数の統計的集計]]
-[[STMの計算方法 >STM]]
**ユーティリティ [#oad6bc99]
- [[chkinpf>計算コードの使い方/STATE/chkinpf]]
- [[state2X>計算コードの使い方/STATE/state2x]]
- [[ChargeUtil>計算コードの使い方/STATE/ChargeUtil]]
- [[CubeUtil>計算コードの使い方/STATE/CubeUtil]]
- [[chg2xsf_2d_3d>計算コードの使い方/STATE/chg2xsf_2d_3d]]
- [[slabgen>計算コードの使い方/STATE/slabgen]]
** ファイルフォーマット [#rd4608ac]
--[[ファイルフォーマット>計算コードの使い方/STATE/format]]
--[[フォートラン I/O>計算コードの使い方/STATE/io]]
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**TODO [#n0da7ef6]
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