* 最初のSTATE計算：CO [#q47b18e0]
ここではSTATEの動作を確認するためにCO分子を例にとって計算を実行します。
先ずCOディレクトリに移動しましょう（現在~/STATE/examplesにいると仮定しています）。
$ cd CO
ここでlsを実行すると以下のファイルが確認できます
nfinp_scf qsub_cmd.sh qsub_ohtaka.sh qsub_sb100.sh qsub_sekirei.sh
以下を実行して入力ファイルnfinp_scfを見てみましょう。
$ cat nfinp_scf
#
# CO molecule in a box
#
WF_OPT DAV
NTYP 2
NATM 2
GMAX 5.50
GMAXP 20.00
NSCF 200
WAYMIX 3
KBXMIX 8
MIX_ALPHA 0.8
WIDTH 0.0010
EDELTA 0.1000D-09
NEG 8
CELL 6.00 4.00 4.00 90.00 90.00 90.00
&ATOMIC_SPECIES
C 12.011 pot.C_pbe1
O 15.999 pot.O_pbe1
&END
&ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
0.0000 0.0000 0.0000 1 1 1
2.2000 0.0000 0.0000 1 1 2
&END
入力ファイルには計算に必要なパラメーターと原子構造の情報が記述されています。
記述された構造が正しいかどうか確認するためにchkinpfというプログラムを使って原子構造を可視化します。
先ず以下を実行します。
$ chkinpf nfinp_scf
出力されてメッセージを読むととCO.xsfというファイルが生成されたことが分かりますので、CO.xsfをXCrySDenやVESTAなどを使って可視化し、問題無いかを確認します。~
同様にsb100で使用するジョブスクリプトqsub_sb100.shも確認しましょう。
$ cat qsub_sb100.sh
#$ -S /bin/sh
#$ -cwd
#$ -q sb.q
#$ -pe x6 6
#$ -N CO
module load intel/2021.2.0
module load intelmpi/2021.2.0
# Disable the openMP parallelism
export OMP_NUM_THREADS=1
unset I_MPI_TCP_NETMASK
# Set the execuable of the STATE code
ln -fs ${HOME}/STATE/src/state-5.6.9/src/STATE .
# Set the pseudopotential data
ln -fs ../gncpp/pot.C_pbe1
ln -fs ../gncpp/pot.O_pbe1
# Set the input/output file
INPUT_FILE=nfinp_scf
OUTPUT_FILE=nfout_scf
# Run!
mpirun ./STATE < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
このジョブスクリプトを使ってジョブを投入しましょう。
$ qsub qsub_sb100.sh
計算の状態は
$ qstat -u [username]
を実行することで確認できます。~
この例では出力ファイルの名前をnfout_scfとしています。計算が終わったらlessなどのページャーを使ってその内容を確認してみましょう。
$ less nfout_scf
ファイルの先頭は以下で始まります。
***********************************************************************
* *
* *
* *
* ****** ******** ** ******** ******** *
* ******** ******** **** ******** ******** *
* ** ** ** ** ** ** *
* *** ** ******** ** ****** *
* *** ** ********** ** ****** *
* ** ** ** ** ** ** *
* ******** ** ** ** ** ******** *
* ****** ** VERSION 5.6.9 ** ******** *
* RICS-AIST *
* OSAKA UNIVERSITY *
* *
***********************************************************************
SCFが収束し問題無く計算が終了すると以下のようにエネルギーとその成分、フェルミエネルギーが出力されます。
TOTAL ENERGY AND ITS COMPONENTS
TOTAL ENERGY = -22.21942426 A.U.
KINETIC ENERGY = 9.92111407 A.U.
HARTREE ENERGY = 5.12121800 A.U.
XC ENERGY = -5.89585641 A.U.
LOCAL ENERGY = -20.23161604 A.U.
NONLOCAL ENERGY = 6.73686140 A.U.
EWALD ENERGY = -17.87114528 A.U.
PC ENERGY = 0.00000000 A.U.
ENTROPIC ENERGY = 0.00000000 A.U.
FERMI ENERGY = 0.43248213
そして最後に猫（Victory cat）が表示されます。
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
_______________________
__________ _______/______v______v______v___]
D | | |
D A A | | Congratulations! | C( > < )D
-- =(^.^)= | | The calculation has converged. | = o =
| @@@@@ | | | ( )~
/--=O=-+-=O=---+--=O=--+--==O==--+--==O==--+--=O=-+--=O=---=O=-/
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH
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