[[計算機システムの使い方/Smith]] **smith/sbシステムにおいてジョブキューイングシステムを利用してSTATEを実行させる方法 [#rd4d258f] *xsシステム用 [#v346e986] -コンパイル用make.sys xs(AVX)専用 ################### FOR PC clusterC (Xeon) with mpiifort ##################### F90 = mpiifort LINKER = mpiifort OMP = #-openmp -lm OPT1 = -O1 OPT3 = -O3 # Xeon with SSE4 FLAG = $(OMP) $(OPT1) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback FLAGS = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback FLAGD = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback FLAGNP = $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback FLAG = $(OMP) $(OPT1) -save -zero -fixed -extend_source -axAVX,SSE4.2 -mcmodel=large -g -traceback FLAGS = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -axAVX,SSE4.2 -mcmodel=large -g -traceback FLAGD = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -axAVX,SSE4.2 -mcmodel=large -g -traceback FLAGNP = $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -axAVX,SSE4.2 -mcmodel=large -g -traceback DEBUG = #LIBS = -L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_omp -llapack -lblas LIBS = -mkl LIBS = -mkl=sequential LAPACK = INCLUDE = -I$(MKLROOT)/include/fftw -I/opt/intel/impi/3.2.1.009/include64/ CPPDIR = /usr/bin CPP = $(CPPDIR)/cpp -P -C -traditional P_FLAGS = -D_FFTW3_ -D_MKL_ -D_PC_CLUSTER_ -D_TIMER_ -D_OPENMP_FUNC_ -D_TEST_ -D_PATIENT_ -D_TIMERx_ -D_INTEL_ ################################################################################ # preprocessor switches # _FFTW3_ usage of FFTW3 interface # _FFTW3_MPI usage of FFTW3/MPI # _PAITIENT_ FFTW3 planning parameter. strong optimization of FFT procedure. # _MKL_ disable usage of FFTW wisdom # _INTEL_/_KEI_ select appropriate module for use of 'chdir' # _PC_CLUSTER_ use of algorithms for non-vector machine # _TIMER_ elaps time measurement for important procedures # _TIMERx_ elaps times of program regions in main/scf routines # _TEST_ affect # of revision of eigen-vector & other parts (Haraguchi- san's) # _OPENMP_FUNC__OPENMP_FUNC_ activate openMP control functions # _SCALAPACK_ use of saclapack routines ################################################################################ *ジョブスクリプト [#qc28d5b3] STATE_5.4.1_avxはSTATE_5.4.1をavxコードを用いてコンパイルしているという意味です。 -ジョブスクリプト (xs用、フラットMPI) #!/bin/csh #$ -cwd #$ -q xs1.q #$ -pe x16 16 #$ -N CO ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1 ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1 ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A setenv OMP_NUM_THREADS 1 # OPENMP並列数 setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2 # MPI集団通信ALLGATHERVのアルゴリズム setenv I_MPI_PIN 1 # mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat -ジョブスクリプト (xe用、フラットMPI) #!/bin/csh #$ -cwd #$ -q xe1.q #$ -pe x8 8 #$ -N CO ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1 ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1 ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A setenv OMP_NUM_THREADS 1 setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2 setenv I_MPI_PIN 1 mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat -ジョブスクリプト (sb用、フラットMPI) #!/bin/csh #$ -cwd #$ -q all.q #$ -pe x6 6 #$ -N CO ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1 ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1 ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A setenv OMP_NUM_THREADS 1 mpirun -np $NSLOTS ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat