*水分子 [#y8ef8203]
この例では水分子を構造最適化した後、分子軌道をプロットする方法を記述する。
**構造最適化 [#l6cbd96c]
- 入力ファイル: nfinp_1
0 0 0 0 0 0 : Water molecule layer in a tetragonal unit cell
5.00 15.00 2 3 3 : GMAX GMAXP NTYP NATM NATM2
1 0 : num_space_group type_bravis_lattice
11.33836127 11.33836127 11.33836127 90.0 90.0 90.0 : a,b,c,alpha,beta,gamma
1 1 1 1 1 1 : knx kny knz k-point_shift
1 0 : NCORD, NINV
1.4573900861 0.0000000000 1.1182947451 1 1 1
-1.4573900861 0.0000000000 1.1182947451 1 1 1
0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1 1 2
1 0.1500 1.00794 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ILOC IVAN
8 0.1500 15.9994 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ILOC IVAN
0 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVEL ININOS INIACC
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 iter_last CPUMAX ifstop
3 1 : WAYMIX MIX_WHAT
0 8 0.6 : starting_mixing kbxmix alpha
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 DTIM4 dtim_last
30.00 4 1 0.10D-08 1.d-10 : DTIO IMDALG IEXPL EDELTA
0.001 1.0D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ggapbe 1 : XCTYPE nspin
1.00 : destm n_stm
101 : NBZTYP
0 0 0 : NKX NKY NKZ (dummy)
0 0 0 : NKX2 NKY2 NKZ2 (dummy)
8 : NEG
1 : NEXTST
0 : (dummy)
2 : imsd
0 : evaluate_eko_diff
0 : npdosao
0 0.0 : SM_N dopping
STATEを実行する。
mpirun -np 4 ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
構造最適化が終わるとGEOMETRYファイルが生成され、それを用いて新しい入力ファイルを作成する。
**実空間での分子軌道（波動関数） [#efc75e03]
入力ファイル: nfinp_2
0 0 0 0 0 0 : Water molecule layer in a tetragonal unit cell
5.00 15.00 2 3 3 : GMAX GMAXP NTYP NATM NATM2
1 0 : num_space_group type_bravis_lattice
11.33836127 11.33836127 11.33836127 90.0 90.0 90.0 : a,b,c,alpha,beta,gamma
1 1 1 1 1 1 : knx kny knz k-point_shift
1 0 : NCORD, NINV
1.454631696076 -0.000000004236 1.118686375962 1 1 1
-1.454631551429 -0.000000032487 1.118686306853 1 1 1
0.000000020327 -0.000000364004 -0.000773953892 1 1 2
1 0.1500 1.00794 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ILOC IVAN
8 0.1500 15.9994 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ILOC IVAN
15 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVEL ININOS INIACC
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 iter_last CPUMAX ifstop
3 1 : WAYMIX MIX_WHAT
0 8 0.6 : starting_mixing kbxmix alpha
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 DTIM4 dtim_last
30.00 4 1 0.10D-08 1.d-10 : DTIO IMDALG IEXPL EDELTA
0.001 1.0D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ggapbe 1 : XCTYPE nspin
1.00 : destm n_stm
101 : NBZTYP
0 0 0 : NKX NKY NKZ (dummy)
0 0 0 : NKX2 NKY2 NKZ2 (dummy)
8 : NEG
1 : NEXTST
0 : (dummy)
2 : imsd
0 : evaluate_eko_diff
0 : npdosao
0 0.0 : SM_N dopping
&PLOT
IK 1
IBAND_S 4
IBAND_E 5
&END
分子軌道（波動関数）を実空間でプロットするためには
- ICOND=15~
を指定し、&PLOT...&END内に以下でパラメータを指定する。
- IK: IK番目のk点における波動関数を実空間で計算
- IBAND_S, IBAND_E: 計算するバンドの指標。IBAND_S番目からIBAND_E番目までの波動関数が計算される。~
波動関数はnfwfn_kptXXXX_bandYYYY.cubeという名前のファイルに出力される。ここでXXXXはk点の指標、YYYYはバンド（分子軌道）の指標である。
今の例では波動関数がnfwfn_kpt0001_band0004.cube, nfwfn_kpt0001_band0005.cubeに出力される。
![[PukiWiki]](image/logo_state-senri3_80x80.png "[PukiWiki]"){kind=logo}
