第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

• 追加された行はこの色です。
• 削除された行はこの色です。
• 計算コードの使い方/STATE へ行く。
• 計算コードの使い方/STATE の差分を削除

*STATE-Senri [#o8d6bfa0]

Simulation Tool for Atom TEchnology  

// Thank you for visiting us. Access Number (today/total)= &counter(today); /  &counter;

#contents


**[[コンパイル方法>計算コードの使い方/STATE/コンパイル]] [#k0b8c35c]

コンパイルにはfortran90コンパイラとMPI,lapack,FFTW3(あるいは環境に応じたFFTライブラリ)が必要です。またバージョンによりコンパイルの方法（Makefile）が異なるので注意が必要です。

-[[5.6.1>計算コードの使い方/STATE/コンパイル/5.6.1]]
-[[5.6.3>計算コードの使い方/STATE/コンパイル/5.6.3]]
-[[5.6.5>計算コードの使い方/STATE/コンパイル/5.6.5]]
-[[5.6.6>計算コードの使い方/STATE/コンパイル/5.6.6]]
-[[5.6.6>計算コードの使い方/STATE/コンパイル/5.6.6]] (最新版)

**実行方法[#ra14171b]
- 先ず擬ポテンシャルを所定の場所よりコピーあるいはダウンロードします。今CO分子を例とし、ソースディレクトリを
 /home/hamada/STATE/src/STATE_5.6.1
擬ポテンシャルのディレクトリを以下
 /home/hamada/STATE/gncpp
CとOの擬ポテンシャルをそれぞれpot_C_pbe1、pot_O_pbe1とします。ワーキングディレクトリにおいて
 ln -s /home/hamada/STATE/src/STATE_5.6.1/STATE
および
 ln -s  /home/hamada/STATE/gncpp/pot_C_pbe1 fort.37
 ln -s  /home/hamada/STATE/gncpp/pot_O_pbe1 fort.38
を実行します。STATEおよび擬ポテンシャルの場所は自分の環境に合わせて適切に指定しましょう。
次にCO分子の計算のための入力ファイルをnfinp_1（以下の計算例を参照）、出力ファイルをnfout_1として
 mpirun -np 2 STATE < nfinp_1 > nfout_1
を実行します。ここで"-np 2"の2は使用するプロセッサーの数であり、"mpirun -np 2"のコマンドは環境によって異なります。

**擬ポテンシャル [#j582d5e3]
擬ポテンシャルファイルはgncppディレクトリに含まれます。
擬ポテンシャルの情報はファイルのヘッダーで確認することが可能です。
- ポテンシャル名の例: pot_Pt_pbe1あるいはPt_pbe1/#vnew.data

- 例: pot_Pt_pbe1
    78  10   1   1  : natomn, ival, iloc, itpcc    
 ggapbe             : name                         
-- natomn: 原子番号
-- ival: 価電子の数
-- iloc: 局所ポテンシャルの軌道角運動量 l+1
-- itpcc: partial core correctionの有無 (itpcc=1: 有、itpcc=0: 無)

**計算例 [#k753e388]
- クイックスタート：[[CO>計算コードの使い方/STATE/CO molecule]]
- 構造最適化：[[一酸化炭素>計算コードの使い方/STATE/CO]]
- セルの最適化：[[シリコン>計算コードの使い方/STATE/Si_opt]] [[[Si (old page)>計算コードの使い方/STATE/Si]]]
- バンド計算：[[アルミニウム>計算コードの使い方/STATE/Al]] ([[バンド計算の方法>/計算コードの使い方/STATE/BandStructure]])
- 実空間における分子軌道：[[水分子>計算コードの使い方/STATE/H2O]]
- バンド計算：[[銅(111)表面>計算コードの使い方/STATE/Cu111]]
- [[酸素吸着表面>計算コードの使い方/STATE/Al111-O]]
- [[分子動力学シミュレーション>計算コードの使い方/STATE/Molecular dynamics]]
- [[双極子補正>計算コードの使い方/STATE/Dipole correction]]
- [[LDA+U>計算コードの使い方/STATE/TiO2 with LDA+U]]
- [[Nudged Elastic Band法による反応経路探索>計算コードの使い方/STATE/NEB]]
- [[拘束条件下での構造最適化とポテンシャルエネルギー表面>計算コードの使い方/STATE/PES]]
- [[有効遮蔽媒質 (ESM)法によるスラブ計算>ESM]]
- [[帯電した系の計算>計算コードの使い方/STATE/ChargedSystem]]
- [[半経験的van der Waals補正法>計算コードの使い方/STATE/vanderWaals]]
- [[SCF van der Waals密度汎関数>Self-consistent vdW-DFの使い方]]
** 解析例 [#tee7f8dc]
-[[分子動力学計算結果等のアニメーション化>計算コードの使い方/STATE/原子構造のアニメーション化]]
-[[実空間での電荷密度／波動関数の表示>計算コードの使い方/STATE/plot]]
-Atomic Orbital (AO) projected Density Of States (PDOS) (AO_LDOS, or PDOS)
-[[Bader解析>計算コードの使い方/STATE/AIM]]
-[[振動解析>計算コードの使い方/STATE/Vibration]]
-[[Crystal Orbital Overlap Population (COOP)>計算コードの使い方/STATE/COOP]]
-[[バンド計算>計算コードの使い方/STATE/BandStructure]]
-[[K-integrated AOLDOS >計算コードの使い方/STATE/AOLDOS]]
-[[K-integrated layer DOS (ALDOS_K) >計算コードの使い方/STATE/LPDOS]]
-[[k-resolved PDOS on to AO (COOP_K) >計算コードの使い方/STATE/COOP_k]]
-[[k-resolved AOLDOS on to AO (AOLDOS_K) >計算コードの使い方/STATE/AOLDOS_k]]
-[[動径分布関数の集計 >動径分布関数の統計的集計]]
-[[STMの計算方法 >STM]]

**ユーティリティ [#oad6bc99]
- [[chkinpf>計算コードの使い方/STATE/chkinpf]]
- [[state2X>計算コードの使い方/STATE/state2x]]
- [[ChargeUtil>計算コードの使い方/STATE/ChargeUtil]]
- [[CubeUtil>計算コードの使い方/STATE/CubeUtil]]
-  [[chg2xsf_2d_3d>計算コードの使い方/STATE/chg2xsf_2d_3d]]
- [[slabgen>計算コードの使い方/STATE/slabgen]]

** ファイルフォーマット [#rd4608ac]

--[[ファイルフォーマット>計算コードの使い方/STATE/format]]
--[[フォートラン I/O>計算コードの使い方/STATE/io]]

// **Downloads [#c36aaaaa]
// --[[資料のダウンロード>計算コードの使い方/STATE/資料のダウンロード]]


**TODO [#n0da7ef6]
-Manual
--印刷可能版の作成
--英語版の作成