- 追加された行はこの色です。
- 削除された行はこの色です。
* Hydrogen molecule [#sa33afb3]
This tutorial explains how to perform the convergence study on the plane-wave cutoff and unit cell size and how to perform the geometry optimization of molecular system.
With the periodic boundary condition, an isolated molecule is simulated by putting a molecule in a box that is large enough to avoid the interaction between periodic images.
Here, we use a hydrogen atom with the local density approximation. The pseudopotential used is pot.H_lda1.
** SCF calculation [#l471888c]
- Input file (nfinp_1)
* 水素分子 [#s026a0c2]
このチュートリアルでは分子系について平面波カットオフとユニットセルの大きさについての収束性を調べる手順を説明します。
周期境界条件の下で孤立分子のシミュレーションを行う場合、分子は周期イメージとの相互作用が無視できる程度に大きな箱（ユニットセル）を用います。
ここでは水素分子を取り上げ、局所密度近似を用いて計算を行います。
使用するポテンシャルはpot.H_lda1です。
** SCF 計算 [#l471888c]
- 入力ファイル (nfinp_1)
0 0 0 0 0 0 : H2 molecule in a box
5.0 10.0 1 2 2 : GMAX GMAXP NTYP NATM NATM2
1 0 : NUM_SPACE_GROUP TYPE_OF_BRAVIS_LATTICE
10.0 10.0 10.0 90.0 90.0 90.0 : A B C ALPHA BETA GAMMA
1 1 1 1 1 1 : N1 N2 N3 M1 M2 M3 (k-point mesh and shift)
1 0 : NCORD NINV
-0.710 0.000 0.000 1 1 1 : CPS(1:3) IWEI IMDTYP ITYP
0.710 0.000 0.000 1 1 1 : CPS(1:3) IWEI IMDTYP ITYP
1 0.15 1.00794 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ILOC IVAN
0 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVEL ININOS INIACC
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 ITER_LAST CPUMAX IFSTOP
3 1 : MIX_WAY MIX_WHAT
0 8 0.7 : STARTING_MIXING KBXMIX ALPHA
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 DTIM4 DTIM_LAST
100.0 4 1 0.10D-08 : DTIO IMDALG IEXPL EDELTA
0.0010 0.50D+03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ldapw91 1 : XCTYPE NSPIN
1.00 : DESTM
101 : NBZTYP
0 0 0 : DUMMY
0 0 0 : DUMMY
2 : NEG
1 : NEXTST
0 : DUMMY
2 : IMSD
0 : EVALUATE_EKO_DIFF
0 : NPDOSAO
0 0.0 : SM_N dopping
- Execution
- 実行~
$ mpirun -np 4 ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
- Results~
When STATE is executed, the following greeting is printed
- 結果~
STATEを実行すると以下のメッセージが表示されます。
***********************************************************************
* *
* *
* *
* ****** ******** ** ******** ******** *
* ******** ******** **** ******** ******** *
* ** ** ** ** ** ** *
* *** ** ******** ** ****** *
* *** ** ********** ** ****** *
* ** ** ** ** ** ** *
* ******** ** ** ** ** ******** *
* ****** ** VERSION 5.6.5 ** ******** *
* RICS-AIST *
* OSAKA UNIVERSITY *
* *
***********************************************************************
At the convergence, following total energy and its component are printed
SCF計算が収束すると以下の全エネルギーおよび運動エネルギーなどの各寄与が表示されます。
TOTAL ENERGY AND ITS COMPONENTS
TOTAL ENERGY = -1.13758782 A.U.
FREE ENERGY = -1.13758782 A.U.
KINETIC ENERGY = 0.96824571 A.U.
HARTREE ENERGY = 0.73570075 A.U.
XC ENERGY = -0.64555732 A.U.
LOCAL ENERGY = -2.31372346 A.U.
NONLOCAL ENERGY = -0.02336940 A.U.
EWALD ENERGY = 0.14111590 A.U.
PC ENERGY = 0.00000000 A.U.
ENTROPIC ENERGY = 0.00000000 A.U.
This is followed by the Fermi energy, the Kohn-Sham eigenvalues and the occupation
全エネルギー以降にフェルミエネルギー、Kohn-Sham固有値と占有数が表示されます。
FERMI ENERGY = -0.19018506
NKP= 1 NGP= 2103 K=( 0.00000 0.00000 0.00000) WKP= 1.0000
EIGEN VALUE
-0.37074 -0.00963
OCCUPATION
1.00000 0.00000
Further, the forces acting on atoms are printed out
さらに原子にかかる力が以下のように表示されます。
ATOM COORDINATES FORCES
MD: 1
MD: 1 H -0.710000 0.000000 0.000000 -0.01200 -0.00000 0.00000
MD: 2 H 0.710000 0.000000 0.000000 0.01200 -0.00000 0.00000
** Convergence study [#f30e2cb1]
In a calculation with a plane-wave basis set, kinetic energy cutoff for the plane-wave basis to expand the wave functions is one of the most important parameters to control the accuracy of the calculation.
In the case of the ultrasoft pseudopotentials, cutoff energy for the augmentation charge should be specified, which is larger than 4 times larger than that for the wave functions.
In the STATE code, cutoff wave vectors in the atomic unit for the wave functions (GMAX) and the augmentation charge (GMAXP) should be specified.
GMAX**2 and GMAXP**2 are the cutoff energies in Ry.
** 収束性の検証 [#f30e2cb1]
平面波基底を用いた計算の場合、波動関数の平面波展開のためのカットオフエネルギーが計算の精度を決定する最も重要なパラメーターの一つとなります。
ノルム保存擬ポテンシャルを用い、なおかつ非線形内殻補正を考慮しない場合、電荷密度の平面波カットオフエネルギーは波動関数のそれの4倍になります。
しかしながらウルトラソフト擬ポテンシャルの場合は局在した補強電荷を正確に記述するためにしばしば波動関数についての4倍以上のカットオフエネルギーが必要となる場合があります。
STATEでは波動関数を展開する平面波のカットオフ波数ベクトル (GMAX) を設定しています。GMAXの二乗がカットオフエネルギー（Ry）に対応します。
電荷密度のカットオフ波数ベクトルはGMAXPで指定され、GMAXPの二乗が電荷密度のカットオフエネルギーになります。
By performing the total energy calculation with varying GMAX and GMAXP, we obtain the following
GMAXとGMAXPを変えながら全エネルギー計算を実行することで以下のデータが得られます。
[GMAXP=15 (E_cut^den=225 Ry)]
#GMAX ETOT (Ha)
4.0 -1.12781490
4.5 -1.13418820
5.0 -1.13697688
5.5 -1.13816998
6.0 -1.13847300
6.5 -1.13850127
7.0 -1.13851867
7.5 -1.13857102
[GMAXP=20 (E_cut^den=400 Ry)]
#GMAX ETOT (Ha)
4.0 -1.12780183
4.5 -1.13417130
5.0 -1.13695809
5.5 -1.13815036
6.0 -1.13845313
6.5 -1.13848136
7.0 -1.13849876
7.5 -1.13855109
[GMAXP=25 (E_cut^den=625 Ry)]
#GMAX ETOT (Ha)
4.0 -1.12780130
4.5 -1.13417074
5.0 -1.13695751
5.5 -1.13814979
6.0 -1.13845255
6.5 -1.13848078
7.0 -1.13849818
7.5 -1.13855052
[GMAXP=30 (E_cut^den=900 Ry)]
#GMAX ETOT (Ha)
4.0 -1.12780182
4.5 -1.13417124
5.0 -1.13695801
5.5 -1.13815027
6.0 -1.13845303
6.5 -1.13848127
7.0 -1.13849867
7.5 -1.13855100
With GMAX=6 and GMAXP=20, the total energy converges better than 0.1 mRy.
GMAX=6とGMAXP=20で全エネルギーは0.1 mRyの精度で収束していることが分かります（エネルギーの変化が0.1 mRy以下）。
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/graph/etot_H2_gmax_gmaxp.png,center,nolink)
~
In addition to the cutoff energy, the convergence with respect to the unit cell size should be achieved to simulate an isolated molecule. Using GMAX=6 and GMAXP=20, total energy as a function of cell edge is obtained as follows
孤立分子のシミュレーションを実行する場合、カットオフエネルギーに加えてスーパーセルのサイズについての収束性を検証する必要もあります。
GMAX=6とGMAXP=20を用いて全エネルギーをユニットセル（立方体）のサイズ（辺の長さ）の関数として計算すると以下が得られます。
#A(Bohr) ETOT(Ha)
5.00 -1.31378028
10.00 -1.13845313
15.00 -1.13662806
20.00 -1.13661187
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/graph/etot_H2_cell.png,center,nolink)
We can see that the cell edge of 10 Bohr is sufficient in the case of an H2 molecule, but a larger box may be needed when larger molecules are studied.
** Geometry optimization (1) [#d2e5e2e9]
Geometry of a diatomic molecule can be optimized by calculating the total energy with varying bond length. Here the total energy as a function of bond length is shown. GMAX=6, GMAXP=20, and the unit cell edges of 10.0 Bohr is used.
上の結果から立方体のユニットセルの辺の長さが15 Bohrとなったところでエネルギーが変化が0.1 mRy以下と小さくなり、収束しているといえることが分かります。
大きい分子の場合はより大きいユニットセルを用いる必要があります。
** 構造最適化 (1) [#d2e5e2e9]
二原子分子の場合、原子間距離（ボンド長）を変えながら全エネルギーを計算することで最適な構造（エネルギーが最小となる構造）を求めることができます。
ここではGMAX=6、GMAXP=20、辺の長さが10 Bohrの立方体のユニットセルを用い、全エネルギーをボンド長の関数として計算を行います。
# Bond length (Bohr) Total energy (Hartree)
1.28000000 -1.13291015
1.30000000 -1.13434083
1.32000000 -1.13555229
1.34000000 -1.13655937
1.36000000 -1.13737569
1.38000000 -1.13801370
1.40000000 -1.13848494
1.42000000 -1.13880026
1.44000000 -1.13896985
1.46000000 -1.13900337
1.48000000 -1.13890994
1.50000000 -1.13869810
1.52000000 -1.13837576
1.54000000 -1.13795024
1.56000000 -1.13742831
1.58000000 -1.13681622
1.60000000 -1.13611994
1.62000000 -1.13534513
1.64000000 -1.13449712
1.66000000 -1.13358088
By fitting the total energy to sixth order polynomial, equilibrium bond length of 1.4551 Bohr (0.77 Angstrom).
得られた全エネルギーを6次の多項式にフィットすることで平衡ボンド長 1.4551 Bohr (0.77 Angstrom)が得られます。
#ref(http://www-cp.prec.eng.osaka-u.ac.jp/puki_state/graph/etot_H2_fit.png,center,nolink)
** Geometry optimization (2) [#v236650a]
In a complex system, manual optimization is difficult to perform.
In such a case, Hellmann-Feynman forces are used to perform the geometry optimization.
To do so, we set the force criterion (FORCCR) of 1.e-3 to 1.e-4 Hartree/Bohr.
Note that for SCF calculation, we set a large FORCCR such as 1.e+3 and avoid the structural optimization.
In this example, generalized direct inversion of iterative subspace (GDIIS) method is used (IMDALG=4) with the time step of 100 atomic unit.
** 構造最適化 (2) [#v236650a]
より複雑な系では手動で上記のような構造最適化を行うのは大変困難です。
そのような場合にはHellmann-Feynman力を求めて構造最適化を行うのが一般的です。
Hellmann-Feynmann力を用いて構造最適化を行う場合、力の閾値（FORCCR）を1.e-3 (1.d-3)から1.e-4 (1.e-4) Hartree/Bohrに設定します（構造最適化を行わない場合FORCCRは1.d+3などの大きい値に設定しています）。
この例では最適化のアルゴリムとしてgeneralized direct inversion of iterative subspace (GDIIS) 法 (IMDALG=4) を採用し、原子位置を更新する時間刻み (DTIO)として100 atomic unitを採用しています。原子の質量 (AMION) は1.00794 a.m.u.としていますが、構造最適化の場合はより重い質量を使う方が計算が安定する場合が多いです。
0 0 0 0 0 0 : H2 molecule in a box
6.0 20.0 1 2 2 : GMAX GMAXP NTYP NATM NATM2
1 0 : NUM_SPACE_GROUP TYPE_OF_BRAVIS_LATTICE
10.0 10.0 10.0 90.0 90.0 90.0 : A B C ALPHA BETA GAMMA
1 1 1 1 1 1 : N1 N2 N3 M1 M2 M3 (k-point mesh and shift)
1 0 : NCORD NINV
-0.710 0.000 0.000 1 1 1 : CPS(1:3) IWEI IMDTYP ITYP
0.710 0.000 0.000 1 1 1 : CPS(1:3) IWEI IMDTYP ITYP
1 0.15 1.00794 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ILOC IVAN
0 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVEL ININOS INIACC
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 ITER_LAST CPUMAX IFSTOP
3 1 : MIX_WAY MIX_WHAT
0 8 0.7 : STARTING_MIXING KBXMIX ALPHA
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 DTIM4 DTIM_LAST
100.0 4 1 0.10D-08 : DTIO IMDALG IEXPL EDELTA
0.0010 0.50D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ldapw91 1 : XCTYPE NSPIN
1.00 : DESTM
101 : NBZTYP
0 0 0 : DUMMY
0 0 0 : DUMMY
2 : NEG
1 : NEXTST
0 : DUMMY
2 : IMSD
0 : EVALUATE_EKO_DIFF
0 : NPDOSAO
0 0.0 : SM_N dopping
Calculated equilibrium bond length is 1.455 Bohr (0.77 Angstrom), agreeing well with the one obtained by the total energy fitting.
** Excercise [#dc85ed87]
- Perform the convergence study of bond length with respect to box size and cutoff energy.
得られた平衡ボンド長は1.455 Bohr (0.77 Angstrom)で手動最適化によって得られた値と良い一致を示していることが分かります。
** 演習問題 [#dc85ed87]
- ボンド長のユニットセルサイズおよびカットオフ依存生を調べてみましょう。
![[PukiWiki]](image/logo_state-senri3_80x80.png "[PukiWiki]"){kind=logo}
