第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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* 計算の準備 [#d75dd585]
ここではプログラムとポテンシャルの入手、プログラムのコンパイル、および環境のセットアップの方法を簡潔に記述します。
#Contents
** プログラムの入手 [#ue73b55b]
STATEはまだ一般公開されていません。CMDワークショップに参加あるいは開発者に直接連絡を取って最新版（>=5.6.6）のソースコードと擬ポテンシャルを入手して下さい。

** コンパイル [#id5f7e8d]
このチュートリアルではソースコード、擬ポテンシャル、データはそれぞれ以下のディレクトリに置くものとします。
 ${HOME}/STATE/src
 ${HOME}/STATE/gncpp
 ${HOME}/STATE/outs

以下では5.6.9 (state-5.6.9.tgz)を使用するものとします。~
先ずソースコードをソースディレクトリ (STATE/src)にコピーします。
 > cp /source/directory/state-5.6.6.tgz .
ここで">"はコマンドプロンプトを意味します。 ~
次にソースコードをtarコマンドを使って解凍します。
 $ tar zxf state-5.6.9.tgz
これによりstate-5.6.9/というディレクトリが得られます。~
以下を実行しディレクトリを移動
 $ cd state-5.6.9/src
そしてMakefileの準備を行います。具体的には../arch/ディレクトリにある適当なmake.arch.*ファイルをコピーするかシンボリックリンクを作ります。ここではシンボリックリンクを作ることにします。
smithの場合
 $ ln -s ../arch/make.arch.intel_smithh make.arc
sb100の場合
 > ln -s ../arch/make.arch.intel_sb100 make.arc
となるでしょう。make.archを必要に応じて編集した後にmakeを実行しコンパイルを実行します。
 > make
これによりsrc/ディレクトリにSTATEコマンドが生成されます。~
さらにユーティリティコマンドをコンパイルするためにutil/ディレクトリに移動します。
 > cd ../util
 "make.inc"を環境に応じて編集しmakeを実行します。
 > make
コンパイルされたプログラムはutil/binにインストール（シンボリックリンク）されます。

** 環境設定 [#w0f5d6e7]
解析の際のコマンド入力を簡単にするためにコマンドサーチパスを追加するのが良いでしょう。ここではホームディレクトリにある.bashrcに以下を追加します。
 PATH=${PATH}:${HOME}/STATE/src/state-5.6.9/util/bin
変更を反映させるために以下を実行します。
 > source ~/.bashrc
（一度ログアウトし再ログインしても環境変数の変化を反映させることは可能です）