第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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  • 1 (2023-01-17 (火) 15:40:44)
  • 2 (2023-01-17 (火) 15:52:41)

* エチレン分子（振動解析） [#d7600abd]
この例ではエチレン分子を例として振動解析を行います。まずC2H4ディレクトリに移動します。
 $ cd C2H4
** 構造最適化 [#k3323b05]
振動解析を行うため、先ず分子構造を最適化します。この例ではGDIISを用いて構造最適化を行います。
- 入力ファイル (nfinp_gdiis)
 #
 # Ethylene molecule in a box: geometry optimization with the GDIIS method
 #
 WF_OPT DAV
 GEO_OPT GDIIS
 NTYP   2
 NATM   6
 TYPE   0
 GMAX    5.00
 GMAXP  15.00
 MIX_ALPHA 0.8
 WIDTH   0.0010
 EDELTA  0.1000D-08
 NEG     10
 FMAX    0.5000D-03
 CELL   12.00  12.00  12.00  90.00  90.00  90.00
 &ATOMIC_SPECIES
  C  12.0107  pot.C_pbe3
  H   1.0079  pot.H_lda3
 &END
 &ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
       1.262722983300      0.000000000000      0.000000000000    1    1    1
       2.348328846800      1.753458668500      0.000000000000    1    1    2
       2.348328846800     -1.753458668500      0.000000000000    1    1    2
      -1.262722983300      0.000000000000      0.000000000000    1    1    1
      -2.348328846800      1.753458668500      0.000000000000    1    1    2
      -2.348328846800     -1.753458668500      0.000000000000    1    1    2
 &END

** 振動解析 [#vd36b833]
構造最適化が終了したら得られた構造を元に新しい入力ファイルを作成します。
ここではgeom2nfinpを使って作成します。
 $ geom2nfinp -i nfinp_gdiis -g GEOMETRY -o nfinp_vib
これにより生成されたnfinp_vibを振動解析用に修正します。
- 入力ファイル (nfinp_vib)
 #
 # Ethylene molecule in a box: geometry optimization with the GDIIS method
 #
 TASK   VIB
 WF_OPT DAV
 NTYP   2
 NATM   6
 TYPE   0
 GMAX    5.00
 GMAXP  15.00
 MIX_ALPHA 0.8
 WIDTH   0.0010
 EDELTA  0.1000D-08
 NEG     10
 FMAX    0.5000D-03
 CELL   12.00  12.00  12.00  90.00  90.00  90.00
 &ATOMIC_SPECIES
  C  12.0107  pot.C_pbe3
  H   1.0079  pot.H_lda3
 &END
 &ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
       1.260767348060     -0.000000889176      0.000000061206    1    1    1
       2.337934105040      1.755199776368      0.000000035554    1    1    2
       2.337933682371     -1.755198581491      0.000000037135    1    1    2
      -1.260766004354     -0.000000071340      0.000000050715    1    1    1
      -2.337933757669      1.755199342527      0.000000064907    1    1    2
      -2.337933482763     -1.755199042963      0.000000067944    1    1    2
 &END