計算機システムの使い方/Smith

smith/sbシステムにおいてジョブキューイングシステムを利用してSTATEを実行させる方法

作りかけなので間違ってるかもしれません。注意!!

xsシステム用

  • コンパイル用make.sys xs(AVX)専用
    ###################  FOR PC clusterC (Xeon) with mpiifort #####################
    F90    =  mpiifort
    LINKER =  mpiifort
    OMP    = -openmp -lm
    OPT1   = -O1 
    OPT3   = -O3
    # Xeon with SSE4
    FLAG   = $(OMP) $(OPT1) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback 
    FLAGS  = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback 
    FLAGD  = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback 
    FLAGNP =        $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback 
    DEBUG  = 
    #LIBS   = -L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_omp -llapack -lblas 
    LIBS   = -mkl
    LAPACK =
    INCLUDE = -I$(MKLROOT)/include/fftw -I/opt/intel/impi/3.2.1.009/include64/
    CPPDIR  = /usr/bin
    CPP       = $(CPPDIR)/cpp -P -C -traditional
    P_FLAGS   = -D_FFTW3_ -D_MKL_   -D_PC_CLUSTER_ -D_TIMER_  -D_OPENMP_FUNC_ -D_TEST_ -D_PATIENT_ -D_TIMERx_ -D_INTEL_
    
    ################################################################################ 
    # preprocessor switches
    # _FFTW3_       usage of FFTW3 interface
    # _FFTW3_MPI    usage of FFTW3/MPI
    # _PAITIENT_    FFTW3 planning parameter. strong optimization of FFT procedure.
    # _MKL_         disable usage of FFTW wisdom
    # _INTEL_/_KEI_ select appropriate module for use of 'chdir'  
    # _PC_CLUSTER_  use of algorithms for non-vector machine
    # _TIMER_       elaps time measurement for important procedures
    # _TIMERx_      elaps times of program regions in main/scf routines
    # _TEST_        affect # of revision of eigen-vector & other parts (Haraguchi- san's)
    # _OPENMP_FUNC__OPENMP_FUNC_   activate openMP control functions
    # _SCALAPACK_   use of saclapack routines
    ################################################################################
  • ジョブスクリプト (xs用、フラットMPI)
    #!/bin/csh
    #$ -cwd
    #$ -q xs1.q
    #$ -pe x16 16
    #$ -N CO
    ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
    ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
    ln -fs $HOME/STATE/src/wrksrc8f_latest/STATE STATE_A
    
    setenv OMP_NUM_THREADS         1   # OPENMP並列数
    setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2   # MPI集団通信ALLGATHERVのアルゴリズム
    setenv I_MPI_PIN               1   # 
    mpirun -np $NSLOTS  ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat
  • ジョブスクリプト (xe用、フラットMPI)
    #!/bin/csh
    #$ -cwd
    #$ -q all.q
    #$ -pe x6 6
    #$ -N Pt0266
    ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
    ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
    ln -fs $HOME/STATE/src/wrksrc8f_latest/STATE STATE_A
    
    setenv OMP_NUM_THREADS         1
    setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2
    setenv I_MPI_PIN               1
    mpirun -np $NSLOTS  ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat
    
    #!/bin/csh
    #$ -cwd
    #$ -q all.q
    #$ -pe x6 6
    #$ -N Pt0266
    ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
    ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
    ln -fs $HOME/STATE/src/wrksrc8f_latest/STATE STATE_A
    
    setenv OMP_NUM_THREADS         1
    setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2
    setenv I_MPI_PIN               1
    mpirun -np $NSLOTS  ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat
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