第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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#freeze
[[計算機システムの使い方/Smith]]

**smith/sbシステムにおいてジョブキューイングシステムを利用してSTATEを実行させる方法 [#rd4d258f]


*xsシステム用 [#v346e986]

 ジョブスクリプトファイル
-コンパイル用make.sys xs(AVX)専用
 ###################  FOR PC clusterC (Xeon) with mpiifort #####################
 F90    =  mpiifort
 LINKER =  mpiifort
 OMP    = #-openmp -lm
 OPT1   = -O1 
 OPT3   = -O3
 # Xeon with SSE4
 FLAG   = $(OMP) $(OPT1) -save -zero -fixed -extend_source -axAVX,SSE4.2 -mcmodel=large -g -traceback 
 FLAGS  = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -axAVX,SSE4.2 -mcmodel=large -g -traceback 
 FLAGD  = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -axAVX,SSE4.2 -mcmodel=large -g -traceback 
 FLAGNP =        $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -axAVX,SSE4.2 -mcmodel=large -g -traceback 
 DEBUG  = 
 #LIBS   = -L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_omp -llapack -lblas 
 LIBS   = -mkl=sequential
 LAPACK =
 INCLUDE = -I$(MKLROOT)/include/fftw -I/opt/intel/impi/3.2.1.009/include64/
 CPPDIR  = /usr/bin
 CPP       = $(CPPDIR)/cpp -P -C -traditional
 P_FLAGS   = -D_FFTW3_ -D_MKL_   -D_PC_CLUSTER_ -D_TIMER_  -D_OPENMP_FUNC_ -D_TEST_ -D_PATIENT_ -D_TIMERx_ -D_INTEL_
 
 ################################################################################ 
 # preprocessor switches
 # _FFTW3_       usage of FFTW3 interface
 # _FFTW3_MPI    usage of FFTW3/MPI
 # _PAITIENT_    FFTW3 planning parameter. strong optimization of FFT procedure.
 # _MKL_         disable usage of FFTW wisdom
 # _INTEL_/_KEI_ select appropriate module for use of 'chdir'  
 # _PC_CLUSTER_  use of algorithms for non-vector machine
 # _TIMER_       elaps time measurement for important procedures
 # _TIMERx_      elaps times of program regions in main/scf routines
 # _TEST_        affect # of revision of eigen-vector & other parts (Haraguchi- san's)
 # _OPENMP_FUNC__OPENMP_FUNC_   activate openMP control functions
 # _SCALAPACK_   use of saclapack routines
 ################################################################################

*ジョブスクリプト [#qc28d5b3]
STATE_5.4.1_avxはSTATE_5.4.1をavxコードを用いてコンパイルしているという意味です。

-ジョブスクリプト (xs用、フラットMPI)
 #!/bin/csh
 #$ -cwd
 #$ -q all.q
 #$ -pe x6 6
 #$ -N Pt0266
 ln -fs $HOME/STATE/src/wrksrc8f_latest/STATE STATE_A
 #$ -q xs1.q
 #$ -pe x16 16
 #$ -N CO
 ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
 ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
 ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A
 
 setenv OMP_NUM_THREADS         1   # OPENMP並列数
 setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2   # MPI集団通信ALLGATHERVのアルゴリズム
 setenv I_MPI_PIN               1   # 
 mpirun -np $NSLOTS  ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat

-ジョブスクリプト (xe用、フラットMPI)
 #!/bin/csh
 #$ -cwd
 #$ -q xe1.q
 #$ -pe x8 8
 #$ -N CO
 ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
 ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
 ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A
 
 setenv OMP_NUM_THREADS         1
 setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2
 setenv I_MPI_PIN               1
 mpirun -np $NSLOTS  ./STATE_A < nfinp_14.dat > nfout_dav_sb_avx_${NSLOTS}pe
 mpirun -np $NSLOTS  ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat

-ジョブスクリプト (sb用、フラットMPI)
 #!/bin/csh
 #$ -cwd
 #$ -q all.q
 #$ -pe x6 6
 #$ -N CO
 ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.C_pbe1
 ln -fs $HOME/STATE/gncpp/pot.O_pbe1
 ln -fs $HOME/STATE/src/STATE_5.4.1_avx/STATE STATE_A
 
 setenv OMP_NUM_THREADS         1
 mpirun -np $NSLOTS  ./STATE_A < nfinp.dat > nfout.dat