* 物性研究所スーパーコンピュータSystem B(鶺䴇)の使い方 [#l582f318] ** 基本 [#i7401450] *** 公開鍵認証 [#z71418a8] 「[[SSH公開鍵登録システムについて:https://scm-web.issp.u-tokyo.ac.jp/scm/UserSupport/ssh-pubkey-regist-system-summary.html]]」から公開鍵を登録する。 *** ログイン [#ibe6f9da] - sshでログインする。 $ ssh your_id@sekirei.issp.u-tokyo.ac.jp - 別のコンピュータからもログインしたい場合は秘密鍵(~/.ssh/id_rsa)をコピーする。~ 秘密鍵は他人から読まれないようにパーミッションを600に設定する。 - パスフレーズを登録する場合は $ ssh-add ~/.ssh/id_rsa とする。 ** STATE 5.6.0のインストール [#hcff0269] *** 準備 [#v454e391] $ mkdir ~/STATE/src $ mv state_x.x.x.tar.gz ~/STATE/src $ mv make.arch ~/STATE/src $ cd ~/STATE/src $ tar xzvf state_x.x.x.tar.gz $ cd STATE_x.x.x *** モジュールの設定 [#h67a0ed1] デフォルトで読み込まれるモジュールは以下のコマンドで確認: $ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) intel/16.0.3.210 2) mpt/2.14 3) gnu/4.8.5 4) cuda/7.0 2016年6月10日以降コンパイラが16.0.3.210に更新されていることに注意。~ これに合わせてMPIも5.1.3.210を読み込む: $ module load intel-mpi/5.1.3.210 $ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) intel/16.0.3.210 3) gnu/4.8.5 5) intel-mpi/5.1.3.210 2) mpt/2.14 4) cuda/7.0 ''追記'': 上の設定で計算を行うと、intel/16.0.3.210に含まれるintel-mkl/16.0.3.210のバグのため Fatal error in PMPI_Comm_create: Other MPI error, error stack: PMPI_Comm_create(669)................: (以下略) のようなエラーを出して計算が止まることが判明した。 応急処置としてintel/16.0.3.210の代わりにintel/16.0.1.150をロードする。 $ module unload intel/16.0.3.210 $ module load intel/16.0.1.150 $ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) mpt/2.14 3) cuda/7.0 5) intel-mpi/5.1.3.210 2) gnu/4.8.5 4) intel/16.0.1.150 *** make.arch [#ie96dbb5] ############################## for LX(Xeon,smith) ############################# F90 = mpiifort LINKER = mpiifort OMP = -qopenmp OPT3 = -O3 -fp-model strict -axCORE-AVX2 FLAGS = $(OMP) $(OPT3) -fixed -extend_source -xHOST FLAGG = $(OMP) $(OPT3) FLAGD = $(OMP) FFTW_DIR=$(MKLROOT)/include/fftw INCLUDE = -I$(FFTW_DIR) #for intelmpi LIBS = -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -mkl=parallel CPPDIR = /usr/bin CPP = $(CPPDIR)/cpp -P -C -traditional ##for intelmpi P_FLAGS = -D_INTEL_DAVIDSON_ -D_MKL_FFTW_ -D_FFTW3_ -D_TIMER_ -D_OPENMP_FUNC_ \ -D_SCALAPACK_ -D_ALLGATHERV_NOOVERLAP_ ################################################################################ OMPで-openmpを使ってmakeすると ifort: command line remark #10411: option '-openmp' is deprecated and will be removed in a future release. Please use the replacement option '-qopenmp' なる警告が出るので-qopenmpに変更した。 *** コンパイル [#ff060a91] $ make cpping m_para.f90 Compiling m_para.f90 ... ** ジョブの投入 [#abea16c0] *** ジョブスクリプトの例 [#ucc227f1]