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* 物性研究所スーパーコンピュータSystem Bの使い方 [#l582f318]
* 物性研究所スーパーコンピュータSystem B(鶺䴇)の使い方 [#l582f318]
** 基本 [#i7401450]
*** 公開鍵認証 [#z71418a8]
「[[SSH公開鍵登録システムについて:https://scm-web.issp.u-tokyo.ac.jp/scm/UserSupport/ssh-pubkey-regist-system-summary.html]]」から公開鍵を登録する。
*** ログイン [#ibe6f9da]
- sshでログインする。
$ ssh your_id@sekirei.issp.u-tokyo.ac.jp
- 別のコンピュータからもログインしたい場合は秘密鍵(~/.ssh/id_rsa)をコピーする。
- 別のコンピュータからもログインしたい場合は秘密鍵(~/.ssh/id_rsa)をコピーする。~
秘密鍵は他人から読まれないようにパーミッションを600に設定する。
- パスフレーズを登録する場合は
$ ssh-add ~/.ssh/id_rsa
とする。
** STATE 5.6.0のインストール [#hcff0269]
*** 準備 [#v454e391]
$ mkdir ~/STATE/src
$ mv state_x.x.x.tar.gz ~/STATE/src
$ mv make.arch ~/STATE/src
$ cd ~/STATE/src
$ tar xzvf state_x.x.x.tar.gz
$ cd STATE_x.x.x
*** モジュールの設定 [#h67a0ed1]
デフォルトで読み込まれるモジュールは以下のコマンドで確認:
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/16.0.3.210 2) mpt/2.14 3) gnu/4.8.5 4) cuda/7.0
2016年6月10日以降コンパイラが16.0.3.210に更新されていることに注意。~
これに合わせてMPIも16.0.3.210を読み込む:
$ module load intel-mpi/5.1.3.210
$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) intel/16.0.3.210 3) gnu/4.8.5 5) intel-mpi/5.1.3.210
2) mpt/2.14 4) cuda/7.0
*** make.arch [#ie96dbb5]
############################## for LX(Xeon,smith) #############################
F90 = mpiifort
LINKER = mpiifort
OMP = -qopenmp
OPT3 = -O3 -fp-model strict -axCORE-AVX2
FLAGS = $(OMP) $(OPT3) -fixed -extend_source -xHOST
FLAGG = $(OMP) $(OPT3)
FLAGD = $(OMP)
FFTW_DIR=$(MKLROOT)/include/fftw
INCLUDE = -I$(FFTW_DIR)
#for intelmpi
LIBS = -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -mkl=parallel
CPPDIR = /usr/bin
CPP = $(CPPDIR)/cpp -P -C -traditional
##for intelmpi
P_FLAGS = -D_INTEL_DAVIDSON_ -D_MKL_FFTW_ -D_FFTW3_ -D_TIMER_ -D_OPENMP_FUNC_ \
-D_SCALAPACK_ -D_ALLGATHERV_NOOVERLAP_
################################################################################
OMPで-openmpを使ってmakeすると
ifort: command line remark #10411: option '-openmp' is deprecated
and will be removed in a future release.
Please use the replacement option '-qopenmp'
なる警告が出るので-qopenmpに変更した。
*** コンパイル [#ff060a91]
$ make
cpping m_para.f90
Compiling m_para.f90
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