構造最適化と振動数の計算

ここではQuick Startに引き続き水素分子の構造最適化と振動数の計算方法を示します。

  • Pythonスクリプト (ase-qe-opt+vib.py)
    from ase.io import read
    from ase.io import write
    from ase.calculators.espresso import Espresso
    from ase.optimize import BFGS
    from ase.vibrations import Vibrations
    
    input_data = {'control': {'outdir' : './tmp/',
                              'prefix' : 'h2'
                            },
                  'system': {'ecutwfc': 80,
                             'ecutrho': 800},
                  'electrons': {'diagonalization' : 'cg',
                                'conv_thr'        : 1.0e-12,
                                'mixing_beta'     : 0.3}
                  }
    
    pseudopotentials = {'H':'H.pbe-kjpaw_psl.1.0.0.UPF'}
    
    calc = Espresso(pseudopotentials=pseudopotentials,input_data=input_data,
                    tprnfor=True)
    
    h2=read('relax.in',format='espresso-in')
    h2.calc = calc
    BFGS(h2).run(fmax=0.01)
    write('H2_opt.xyz',h2)
    etot = h2.get_potential_energy()
    print('Total energy: %12.8f eV' % etot)
    
    vib = Vibrations(h2)
    vib.run()
    vib.summary(log='H2_vib_summary.txt')
    vib.write_mode(-1)
    ここで計算に使用する構造は以下のようにQEフォーマットのrelax.inというファイルに記述されています。
    h2=read('relax.in',format='espresso-in')
    このスクリプトでは以下で構造最適化を実行しています。
    BFGS(h2).run(fmax=0.01)
    以下で最終的な全エネルギーを標準出力に出力しています。
    etot = h2.get_potential_energy()
    print('Total energy: %12.8f eV' % etot)
    その後、最適化された構造を使って以下のように(調和)振動数の計算を実行しています。
    vib = Vibrations(h2)
    vib.run()
    vib.summary(log='H2_vib_summary.txt')
    vib.write_mode(-1)
    ここで得られた振動数と零点エネルギーは以下のようにH2_vib_summary.txtに出力されます。
    ---------------------
      #    meV     cm^-1
    ---------------------
      0    0.0i      0.0i
      1    0.0       0.0
      2    0.0       0.0
      3    4.5      35.9
      4    4.5      35.9
      5  535.2    4316.3
    ---------------------
    Zero-point energy: 0.272 eV
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