第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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#author("2024-01-26T16:53:54+09:00","default:StatE","StatE")
#author("2024-02-20T22:45:15+09:00","default:StatE","StatE")
* Quantum-ESPRESSO (pw.x) を実行する場合のジョブスクリプトの例 [#eaf6d325]
以下は気相水分子を計算した際に使用したジョブスクリプトファイルです。~
pw.xは以下のディレクトリにあると仮定しています。
 ${HOME}/QE/src/qe-7.2/bin

- run_h2o.sh 
 #!/bin/bash
 #PBS -q DBG
 #PBS --group=G15577
 #PBS -m b
 #PBS -T intmpi
 #PBS -l cpunum_job=64
 #PBS -v OMP_NUM_THREADS=2
 #PBS -l elapstim_req=00:10:00
 #PBS -e ERR
 #PBS -o OUT
 
 module load BaseCPU/2023
 module load BasePy/2023
 
 cd ${PBS_O_WORKDIR}
 
 INPUT_FILE='relax.in'
 OUTPUT_FILE='relax.out'
 #
 
 PW_DIR=${HOME}/QE/src/qe-7.2/bin
 #
 
 WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/QE/test/H2O
 mkdir -p ${WORK_DIR}/tmp; ln -s ${WORK_DIR}/tmp
 
 MPI_COMMAND="mpirun ${NQSV_MPIOPTS}"
 PW_COMMAND=pw.x
 PW=$PW_DIR/$PW_COMMAND
 #
 cd ${PBS_O_WORKDIR}
 #
 
 ${MPI_COMMAND} ${PW} < ${INPUT_FILE} > ${OUTPUT_FILE}
pw.xは以下のディレクトリにあると仮定しています。
 ${HOME}/QE/src/qe-7.2/bin
SQUIDのホーム領域はデフォルトで10GBととても小さいので、以下のようにpw.xのoutdirはホームではなくワーク領域にoutdirを作成し（tmpとする）ワーキングディレクトリにシンボリックリンクを作成することにします。ワーク領域のディレクトリを入力ファイルに直接指定しても問題はありません。
 WORK_DIR=/sqfs/work/G15577/v60795/QE/test/H2O
 mkdir -p ${WORK_DIR}/tmp; ln -s ${WORK_DIR}/tmp
-入力ファイル（relax.in）
 h2o
 h2o in a box
  &control
     calculation = 'relax'
     restart_mode = 'from_scratch'
     prefix = 'h2o'
     forc_conv_thr = 1.0D-4
     pseudo_dir = '/sqfs/home/v60795/QE/pseudo'
     outdir = './tmp/'
  /
  &system
     ibrav = 1
     A = 20.0 
     nat=  3
     ntyp= 2
     ecutwfc = 80.0
     ecutrho = 800.0
  /
  &electrons
     diagonalization = 'cg'
     mixing_beta = 0.3
     conv_thr = 1.0D-12
  /
  &ions
     pot_extrapolation = "second_order"
     wfc_extrapolation = "second_order"
  /
 ATOMIC_SPECIES
  H   0.0  H.pbe-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
  O   0.0  O.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
 ATOMIC_POSITIONS (angstrom)
 H       0.7662009484   0.0000000000   0.5964711644
 H      -0.7662009484   0.0000000000   0.5964711644
 O       0.0000000000   0.0000000000   0.0000000000
 K_POINTS (Gamma)