第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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  • 4 (2014-07-25 (金) 18:36:23)

*実空間での電荷密度／波動関数の出力方法 [#h93154a5]

**HOWTO [#p38426f7]

***Electronic density 電荷密度のプロット [#o924d455]
-SCF計算(ICOND=0 or 1)を行いzaj.dataとpotential.dataを生成
-実空間の電荷密度の出力をICOND=9にして行い、nfchgt_r.dataを生成
-ユーティリティプログラムによりXCrySDen Structure File (XSF）形式またはGaussian CUBE (G98_CUBE)に電荷密度nfchgt_r.dataの形式を変換し、XCrySDenあるいはVMD等で可視化を行う。
-- ここでは濱田作成のChargeUtil/chg2xsfを使用して*.xsfを生成する。~
(rafiki:~hamada/STATE/tools/ChargeUtil)~
--使用方法は簡単で、chg2xsfとUNIXのコマンドプロンプトに入力し、メッセージに従ってファイル名を入力するだけでよい。~
--STATEの計算で使用した入力ファイル（nfinp*）が必要~
--同様にしてCUBE形式に変換するためにはchg2cubeをVASP形式のCHGCAR形式に変換するにはchg2vaspを使用する。

***Wave function 波動関数（分子軌道）のプロット [#bef66d24]
-SCF計算(ICOND=0 or 1)を行いzaj.dataとpotential.dataを生成する
-計算を行う前に、出力する波動関数属するのk点とバンドを指定するnfwfnfft.dataを用意する。~
-例：~

 1      : k-point
 4  6   : band_start band_end

--この例では1番目のk点の4番目から6番目のバンドの波動関数を出力するように指定している。~
-次に実空間における波動関数の出力をICOND=15にして行い、Gaussian CUBE形式のファイルnfwfn_kptXXXX_bandYYYY.cubeを生成する。ここでXXXXはk点、YYYYはバンドの指標である。~
--ファイル名を見るとk点とバンドのインデックスが分かるようになっている筈である。nfwfn_kpt0001_band0004.cubeの場合、1番目のk点の4番目のバンドの波動関数のデータになる。~
--各ファイルには波動関数の実部と虚部を含まれているが、Cubeフォーマットでは波動関数は実数のものしか指定できない。そこで、STATEでは出力したいバンドのインデックスをibとすると、実部をibバンドに、虚部を1000+ibバンドであるとしてcubeファイルを出力するようにしている。（可視化プログラムは二つの軌道がcubeファイルに含まれていると解釈する）
-後はVMDやXCrySDenを用いて可視化すれば良い。

**Tips [#b9541399]
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Revision

2007-10-05 (金) 09:57:47 K. Toyoda(濱田さんのメモをもとに修正)~
2007-09-28 (金) 16:33:40 I. Hamada (created)