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SLURMの使い方 †

SLURMとはオープンソースソフトウェアの、ジョブスケジューラーの1つで、ohtakaで計算ジョブを投入する際にしようします。 以下にSLURMで主に使用するコマンドの簡単な使い方を記述します。

コマンド †

sbatch †

ジョブを投入するときに使用します。 run.shという名前のジョブスクリプトを実行するときには以下のコマンドを実行します。

sbatch run.sh

squeue †

ジョブの実行状況を確認するときに使用します。 以下のコマンドを実行すると、実行中のジョブの情報が表示されます。

squeue

scancel †

ジョブをキャンセルするときに使用します。 scancelを実行してからjob_id（JobID以下に表示）を確認し、以下を実行します。

scancel <job_id>

scontrol †

投入した、あるいは実行中のジョブの詳細を表示するときに使用します。

scontrol show job <job_id>

sacct †

投入した、あるいは実行中のジョブの詳細を表示するときに使用します。 実行中のジョブの経過時間と実行時間の上限は以下のようにして表示することができます。

sacct -j <job_id> --format=JobID,Elapsed,Timelimit

詳細はmanコマンドを実行してマニュアルを読むのが良いでしょう。

ジョブスクリプトの例 †

デバッグ用キュー/パーティション（i8cpu）を使用してSTATEを実行する場合のサンプルのジョブスクリプト。

#!/bin/sh

#SBATCH -J state_test
#SBATCH -p i8cpu
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 64
#SBATCH -c 4
#SBATCH -t 00:30:00

module purge
module load oneapi_compiler/2022.1.2 oneapi_mpi/2022.1.2 oneapi_mkl/2022.1.2

export FI_PROVIDER=psm3

srun ./STATE < nfinp_1 > nfout_1

ここでプログラム`STATE`と擬ポテンシャル（あるいはそれらのシンボリックリンク）は作業ディレクトリにあり、入力（出力）ファイルは`nfinp_1`（`nfout_1`）とします。