第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

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計算機システムの使い方/Smith

smith/sbシステムにおいてジョブキューイングシステムを利用してSTATEを実行させる方法 †

xsシステム用 †

• コンパイル用make.sys

###################  FOR PC clusterC (Xeon) with mpiifort #####################
F90    =  mpiifort
LINKER =  mpiifort
OMP    = -openmp -lm
OPT1   = -O1 
OPT3   = -O3
# Xeon with SSE4
FLAG   = $(OMP) $(OPT1) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback 
FLAGS  = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback 
FLAGD  = $(OMP) $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback 
FLAGNP =        $(OPT3) -save -zero -fixed -extend_source -xAVX -mcmodel=large -g -traceback 
DEBUG  = 
#LIBS   = -L/usr/local/lib -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_omp -llapack -lblas 
LIBS   = -mkl
LAPACK =
INCLUDE = -I$(MKLROOT)/include/fftw -I/opt/intel/impi/3.2.1.009/include64/
CPPDIR  = /usr/bin
CPP       = $(CPPDIR)/cpp -P -C -traditional
P_FLAGS   = -D_FFTW3_ -D_MKL_   -D_PC_CLUSTER_ -D_TIMER_  -D_OPENMP_FUNC_ -D_TEST_ -D_PATIENT_ -D_TIMERx_ -D_INTEL_

################################################################################ 
# preprocessor switches
# _FFTW3_       usage of FFTW3 interface
# _FFTW3_MPI    usage of FFTW3/MPI
# _PAITIENT_    FFTW3 planning parameter. strong optimization of FFT procedure.
# _MKL_         disable usage of FFTW wisdom
# _INTEL_/_KEI_ select appropriate module for use of 'chdir'  
# _PC_CLUSTER_  use of algorithms for non-vector machine
# _TIMER_       elaps time measurement for important procedures
# _TIMERx_      elaps times of program regions in main/scf routines
# _TEST_        affect # of revision of eigen-vector & other parts (Haraguchi- san's)
# _OPENMP_FUNC__OPENMP_FUNC_   activate openMP control functions
# _SCALAPACK_   use of saclapack routines
################################################################################

• ジョブスクリプト

  #!/bin/csh
  #$ -cwd
  #$ -q all.q
  #$ -pe x6 6
  #$ -N Pt0266
  ln -fs $HOME/STATE/src/wrksrc8f_latest/STATE STATE_A
  
  setenv OMP_NUM_THREADS         1
  setenv I_MPI_ADJUST_ALLGATHERV 2
  setenv I_MPI_PIN               1
  mpirun -np $NSLOTS  ./STATE_A < nfinp_14.dat > nfout_dav_sb_avx_${NSLOTS}pe