第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki

• バックアップ一覧
• 差分 を表示
• 現在との差分 を表示
• ソース を表示
• STATE_new_tutorial/C2H4_jp へ行く。
  • 1 (2023-01-17 (火) 15:40:44)
  • 2 (2023-01-17 (火) 15:52:41)

エチレン分子（振動解析） †

この例ではエチレン分子を例として振動解析を行います。まずC2H4ディレクトリに移動します。

$ cd C2H4

構造最適化 †

振動解析を行うため、先ず分子構造を最適化します。この例ではGDIISを用いて構造最適化を行います。

• 入力ファイル (nfinp_gdiis)

  #
  # Ethylene molecule in a box: geometry optimization with the GDIIS method
  #
  WF_OPT DAV
  GEO_OPT GDIIS
  NTYP   2
  NATM   6
  TYPE   0
  GMAX    5.00
  GMAXP  15.00
  MIX_ALPHA 0.8
  WIDTH   0.0010
  EDELTA  0.1000D-08
  NEG     10
  FMAX    0.5000D-03
  CELL   12.00  12.00  12.00  90.00  90.00  90.00
  &ATOMIC_SPECIES
   C  12.0107  pot.C_pbe3
   H   1.0079  pot.H_lda3
  &END
  &ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
        1.262722983300      0.000000000000      0.000000000000    1    1    1
        2.348328846800      1.753458668500      0.000000000000    1    1    2
        2.348328846800     -1.753458668500      0.000000000000    1    1    2
       -1.262722983300      0.000000000000      0.000000000000    1    1    1
       -2.348328846800      1.753458668500      0.000000000000    1    1    2
       -2.348328846800     -1.753458668500      0.000000000000    1    1    2
  &END

振動解析 †

構造最適化が終了したら得られた構造を元に新しい入力ファイルを作成します。 ここではgeom2nfinpを使って作成します。

$ geom2nfinp -i nfinp_gdiis -g GEOMETRY -o nfinp_vib

これにより生成されたnfinp_vibを振動解析用に修正します。

• 入力ファイル (nfinp_vib)

  #
  # Ethylene molecule in a box: geometry optimization with the GDIIS method
  #
  TASK   VIB
  WF_OPT DAV
  NTYP   2
  NATM   6
  TYPE   0
  GMAX    5.00
  GMAXP  15.00
  MIX_ALPHA 0.8
  WIDTH   0.0010
  EDELTA  0.1000D-08
  NEG     10
  FMAX    0.5000D-03
  CELL   12.00  12.00  12.00  90.00  90.00  90.00
  &ATOMIC_SPECIES
   C  12.0107  pot.C_pbe3
   H   1.0079  pot.H_lda3
  &END
  &ATOMIC_COORDINATES CARTESIAN
        1.260767348060     -0.000000889176      0.000000061206    1    1    1
        2.337934105040      1.755199776368      0.000000035554    1    1    2
        2.337933682371     -1.755198581491      0.000000037135    1    1    2
       -1.260766004354     -0.000000071340      0.000000050715    1    1    1
       -2.337933757669      1.755199342527      0.000000064907    1    1    2
       -2.337933482763     -1.755199042963      0.000000067944    1    1    2
  &END