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第一原理分子動力学プログラム STATE Senri Wiki
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- 1 (2019-01-05 (土) 20:31:06)
水分子 †
この例では水分子を構造最適化した後、分子軌道をプロットする方法を記述する。
構造最適化 †
- 入力ファイル: nfinp_1
0 0 0 0 0 0 : Water molecule layer in a tetragonal unit cell 5.00 15.00 2 3 3 : GMAX GMAXP NTYP NATM NATM2 1 0 : num_space_group type_bravis_lattice 11.33836127 11.33836127 11.33836127 90.0 90.0 90.0 : a,b,c,alpha,beta,gamma 1 1 1 1 1 1 : knx kny knz k-point_shift 1 0 : NCORD, NINV 1.4573900861 0.0000000000 1.1182947451 1 1 1 -1.4573900861 0.0000000000 1.1182947451 1 1 1 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1 1 2 1 0.1500 1.00794 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ILOC IVAN 8 0.1500 15.9994 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ILOC IVAN 0 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVEL ININOS INIACC 0 1 : IPRE IPRI 200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 iter_last CPUMAX ifstop 3 1 : WAYMIX MIX_WHAT 0 8 0.6 : starting_mixing kbxmix alpha 0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 DTIM4 dtim_last 30.00 4 1 0.10D-08 1.d-10 : DTIO IMDALG IEXPL EDELTA 0.001 1.0D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS ggapbe 1 : XCTYPE nspin 1.00 : destm n_stm 101 : NBZTYP 0 0 0 : NKX NKY NKZ (dummy) 0 0 0 : NKX2 NKY2 NKZ2 (dummy) 8 : NEG 1 : NEXTST 0 : (dummy) 2 : imsd 0 : evaluate_eko_diff 0 : npdosao 0 0.0 : SM_N doppingSTATEを実行する。mpirun -np 4 ./STATE < nfinp_1 > nfout_1
構造最適化が終わるとGEOMETRYファイルが生成され、それを用いて新しい入力ファイルを作成する。
実空間での分子軌道（波動関数） †
入力ファイル: nfinp_2
0 0 0 0 0 0 : Water molecule layer in a tetragonal unit cell
5.00 15.00 2 3 3 : GMAX GMAXP NTYP NATM NATM2
1 0 : num_space_group type_bravis_lattice
11.33836127 11.33836127 11.33836127 90.0 90.0 90.0 : a,b,c,alpha,beta,gamma
1 1 1 1 1 1 : knx kny knz k-point_shift
1 0 : NCORD, NINV
1.454631696076 -0.000000004236 1.118686375962 1 1 1
-1.454631551429 -0.000000032487 1.118686306853 1 1 1
0.000000020327 -0.000000364004 -0.000773953892 1 1 2
1 0.1500 1.00794 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ILOC IVAN
8 0.1500 15.9994 3 1 0.d0 : IATOMN ALFA AMION ILOC IVAN
15 0 0 0 0 : ICOND INIPOS INIVEL ININOS INIACC
0 1 : IPRE IPRI
200 200 0 57200.00 0 : NMD1 NMD2 iter_last CPUMAX ifstop
3 1 : WAYMIX MIX_WHAT
0 8 0.6 : starting_mixing kbxmix alpha
0.60 0.50 0.60 0.70 1.00 : DTIM1 DTIM2 DTIM3 DTIM4 dtim_last
30.00 4 1 0.10D-08 1.d-10 : DTIO IMDALG IEXPL EDELTA
0.001 1.0D-03 0 : WIDTH FORCCR ISTRESS
ggapbe 1 : XCTYPE nspin
1.00 : destm n_stm
101 : NBZTYP
0 0 0 : NKX NKY NKZ (dummy)
0 0 0 : NKX2 NKY2 NKZ2 (dummy)
8 : NEG
1 : NEXTST
0 : (dummy)
2 : imsd
0 : evaluate_eko_diff
0 : npdosao
0 0.0 : SM_N dopping
&PLOT
IK 1
IBAND_S 4
IBAND_E 5
&END
分子軌道（波動関数）を実空間でプロットするためには
- ICOND=15
を指定し、&PLOT...&END内に以下でパラメータを指定する。 - IK: IK番目のk点における波動関数を実空間で計算
- IBAND_S, IBAND_E: バンドの指標
